A mi antes me pasaba eso, pero no recuerdo exactamente como lo
solucioné. Creo que sincronicé todos los contactos con Google, eliminé
desde https://contacts.google.com/ los duplicados, eliminé todos de mi
teléfono, luego me conecté para que sincronizara y se me bajaron todos
sin problema. Si recuerdo que antes me pasaba que algunos salían
duplicados si tenían WhatsApp y otros servicios, entonces tenía yo que
ir uno por uno fusionándolos. Ahora uso para los contactos la
aplicación de Google de Contactos, el id es
com.google.android.contacts, así que creo que en la Play Store sería
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.google.android.contacts
pero me parece que solo es compatible con Android 5.1+
