[mira_talk] Re: Problem with installation, even with GCC version 4.8.1, its asking for updated version of GCC

  • From: Hukum rawal <hukam.rawal@xxxxxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Fri, 19 Aug 2016 13:12:37 +0530

I am able to run MIRA4.9.6 but with some errors as follows:

[root@nrcpb_hpc12 bin]# mira
/data7/rawal/mira_4.9.6_linux-gnu_x86_64_static/bin/manifest.conf
                                                       Your system seems to
be older or have some quirks with locale settings.
Using the LC_ALL=C workaround.
If you don't want that, fix your system ;-)
This is MIRA 4.9.6.

Please cite: Chevreux, B., Wetter, T. and Suhai, S. (1999), Genome Sequence
Assembly Using Trace Signals and Additional Sequence Information.
Computer Science and Biology: Proceedings of the German Conference on
Bioinformatics (GCB) 99, pp. 45-56.

To (un-)subscribe the MIRA mailing lists, see:
        http://www.chevreux.org/mira_mailinglists.html

After subscribing, mail general questions to the MIRA talk mailing list:
        mira_talk@xxxxxxxxxxxxx


To report bugs or ask for features, please use the SourceForge ticketing
system at:
        http://sourceforge.net/p/mira-assembler/tickets/
This ensures that requests do not get lost.


Compiled by: bach
Sun May  1 18:46:19 CEST 2016
On: Linux vk10464 2.6.32-41-generic #94-Ubuntu SMP Fri Jul 6 18:00:34 UTC
2012 x86_64 GNU/Linux
Compiled in boundtracking mode.
Compiled in bugtracking mode.
Compiled with ENABLE64 activated.
Runtime settings (sorry, for debug):
        Size of size_t  : 8
        Size of uint32  : 4
        Size of uint32_t: 4
        Size of uint64  : 8
        Size of uint64_t: 8
Current system: Linux nrcpb_hpc12 2.6.18-308.el5 #1 SMP Tue Feb 21 20:06:06
EST 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Looking for files named in data ...Could not determine filetype from data
'/data7/data/reads.left.fq' ("/data7/data/reads.left.fq")
Could not determine filetype from data '/data7/data/reads.right.fq'
("/data7/data/reads.right.fq")

Fatal error (may be due to problems of the input data or parameters):

********************************************************************************
* Some 'data' entries named in the manifest file could not be verified, see
   *
* the log above.
    *
* Maybe some files are missing, not readable or there is a typo in the
    *
* manifest file?
    *
********************************************************************************
->Thrown: void Manifest::loadManifestFile(std::string & mfilename)
->Caught: main

Aborting process, probably due to error in the input data or
parametrisation.
Please check the output log for more information.
For help, please write a mail to the mira talk mailing list.
Subscribing / unsubscribing to mira talk, see:
//www.freelists.org/list/mira_talk

CWD: /usr/bin
Thank you for noticing that this is *NOT* a crash, but a
controlled program stop.
Wrapped MIRA process exited with an error.
[root@nrcpb_hpc12 bin]#

On Fri, Aug 19, 2016 at 1:09 PM, Peter Cock <dmarc-noreply@xxxxxxxxxxxxx>
wrote:



On Fri, Aug 19, 2016 at 7:46 AM, Hukum rawal <hukam.rawal@xxxxxxxxx>
wrote:

As per your suggestions I am trying to run it from "bin" folder of
"mira_4.9.6_linux-gnu_x86_64_static" by command: "mira manifest.conf",
but I dont know why it is saying that:
This is MIRA V3.4.0 (production version).
.


You are still using MIRA 3.4.0 instead of MIRA 4.9.6. I think you did
something like this:

$ cd ~/downloads/mira_4.9.6_linux-gnu_x86_64_static/bin
$ mira manifest.conf

That was not what Bastien meant, which was something like:

$ cd ~/my_data/
$ ~/downloads/mira_4.9.6_linux-gnu_x86_64_static/bin/mira manifest.conf

If you run just "mira" you get the mira on the $PATH, if you run
"/some/path/mira" you get that precise mira.

(On DOS/Windows this is different, there "mira" would run any copy of
"mira" in the current directory and if not use the $PATH)

Peter




-- 
Hukam C. Rawal

Other related posts:

  1. Home
  2. mira_talk
  3. Archive
  4. 08-2016