Hi, we are having trouble runing a mapping assembly with this commad line : /bioinfo/tools/mira/bin/mira -project=rescue -job=mapping,genome,normal,454 -notraceinfo 454_SETTINGS -AL:mrs=95 -SK:pr=90 COMMON_SETTINGS -OUT:rld=yes -GE:not=7 -SK:mnr=yes:nrr=100:mhpr=50 -CL:pec=on -AS:sd=on:nop=3 -SB:lb=yes:bft=caf:abnc=no:lsd=yes:sbuip=0:lsd=yes The assembly runs perfectly up to these lines (in Pass 3) from log file : Assigning statistics values: Localtime: Fri Jun 4 12:21:01 2010 [0%] ....|.... [10%] ....|.... [20%] ....|.... [30%] ....|.... [40%] ....|.... [50%] ....|.... [60%] ....|.... [70%] ....|.... [80%] ....|.... [90%] ....|.... [100%] Buntifying reads (this may take a while) ... done. and stops. Has anyone else experienced this problem ? and knows how to solve it ? (Bastien maybe...) Thanks jorge. --- Jorge Duarte Bioinformatics Research Engineer BIOGEMMA - Upstream Genomics Group Z.I. Du Brézet 8, Rue des Frères Lumière 63028 CLERMONT FERRAND Cedex 2 FRANCE Tel : +33 (0)4 73 39 60 73 Fax : +33 (0)4 73 42 79 81 E-mail : jorge.duarte@xxxxxxxxxxxx ***************************************************************** Pour toute demande de support merci d'inclure BIOGEMMA_BioInfo_Service ou bioinfo@xxxxxxxxxxxx dans les destinataires lors du premier contact ***************************************************************** BIOGEMMA S.A.S. au capital social de 48.335.652,00 ?. 1, Rue Edouard Colonne - 75001 PARIS. RCS PARIS 412 514 366 This message and any attachments are confidential and intended solely for the use of the addressee(s) named above. The information contained in this email may also be legally privileged. If you have received this email in error, please notify us immediately by reply email or by fax and then delete it. Any use, distribution or reproduction of this message is strictly prohibited. The integrity or authenticity of this message cannot be guaranteed. We therefore shall not be liable for the message if altered, changed or falsified. Thank you. Cet email et ses pièces jointes sont strictement confidentiels et destinés uniquement à l'usage du (des) destinataire(s) sus-indiqué(s). Les informations contenues dans cet email sont légalement protégées. Si vous avez reçu cet email par erreur, merci de nous le retourner immédiatement par courrier électronique ou télécopie avant de le supprimer. Toute utilisation ou reproduction de cet email est strictement interdite. La véracité et l'authenticité de cet email et de son contenu ne peuvent être garanties et nous ne pouvons être tenus responsables de leur altération, modification ou falsification. Merci.