[Linuxtrent] microsoft e bioinformatica :-))
- From: franz <francesco@xxxxxx>
- To: linuxtrent@xxxxxxxxxxxxx
- Date: Mon, 14 Feb 2005 12:00:57 +0100
Articolo preso da
http://italy.peacelink.org/cybercultura/articles/art_6137.html
E' una notizia un po' vecchia, ma non so se era passata sulla lista, ora poi
assume nuovi significati grotteschi alla luce dell'accordo di Microsoft con
la provincia.
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Microsoft Excel compromette la ricerca genetica scambiando fischi per fiaschi
Nell'ambito della ricerca genetica e biomolecolare Excel viene largamente
utilizzato, soprattutto per processare i dati gestiti mediante la tecnologia
DNA Microarray, la quale consente di monitorare un intero genoma su un singolo
chip.
Putroppo, secondo un documento stilato da numerosi ricercatori americani e
pubblicato sul sito del Centro di Ricerche Biomediche di Londra
(BioMed Central), sembra che alcune funzioni di conversione automatiche di
Excel abbiano alterato irrimediabilmente i nomi di parecchi geni.
Il problema è molto esteso ed ha colpito diversi database pubblici, inclusi i
dati di alcuni geni contenuti nel db del National Centre for Biotechnology
Information (NCBI) sito in USA.
Gli errori sui dati vengono introdotti perché alcuni identificatori genetici
assomigliano molto a delle date, così può accadere che Excel converta
l'identificatore "SEPT2" nel formato data "2-Sep".
Secondo i ricercatori almeno 30 nomi di geni sarebbero stati alterati a causa
di questa conversione, alcuni dei quali molto importanti dal punto di vista
medico, come ad esempio il tumor soppressor DEC1 (Deleted in Esophageal
Cancer 1) che è stato convertito in "1-Dec".
Almeno altri 2000 nomi invece sono stati alterati a causa di conversioni in
formato floating-point: gli identificatori RIKEN (dall'omonimo Centro di
Ricerche di Yokohama, il RIKEN Genomic Science Centre), sono infatti composti
da una sequenza alfanumerica piuttosto lunga (che ha naturalmente un preciso
significato), la quale viene convertita da Excel in un numero floating-point.
Ad esempio l'identificatore RIKEN "2310009E13" è stato convertito
irrimediabilmente in "2.31E+13".
I nomi originali dei geni non potranno più essere recuperati, sostengono i
ricercatori. Con un piccolo numero di geni sarebbe infatti possibile
correggere manualmente gli errori, ma sui microarray (che contengono
un'enorme quantità di dati) l'azione manuale è assolutamente impraticabile.
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A questo punto mi sorgono alcune considerazioni.
1) Come mai dei ricercatori si mettono in mente di usare su così larga scala
un software di questo tipo (non specialistico e noto per fare le cose di
testa sua) senza testarlo accuratamente
2) Quando Microsoft imaprearà a fare software che fanno quello che vuole
l'utente e non quello che Biil Gates suppone che l'utente potrebbe magari
volere?
3) Nel famoso centro di bioinformatica sputtaneranno tutti i risultati perché
salverano tutto in formati word, excel ecc. ecc.?
4) 5) 6) ecc. ecc. le altre considerazioni fatele voi
Ciao
Francesco Lunelli
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