[kth-package] Re: how to do with sevral replicates?
- From: "Monica Andersson" <monand07@xxxxxx>
- To: kth-package@xxxxxxxxxxxxx
- Date: Thu, 17 Nov 2005 15:22:39 +0100 (CET)
> Hej Valtteri!
Vi har kollat på skriptet "reorderMalaria" som du och Uffe gjorde. Men det
är ändå ganska komplicerat att få det helt rätt. Det är ju avgörande att
utmatriserna blir helt rätt. Vi har tre replikat överallt, dvs inga
multipler men vi har många "empty" och "blank" som inte ska ingå i
analysen. Vi skulle alltså behöva sortera om ordningen så att R räknar på
triplikat. Jag har suttit ganska länge och försökt skriva om calcMeanSD
funktionen men som tur var så pratade jag med Uffe idag som sa just att
man måste sortera om dem. Jag pluggar just nu på KTH och har läst lite
java men det är ändå ganska krångligt. Vi vill kunna beräkna medelvärdet
av M-värdena och SD för tre replikat för alla slides inom varje stam. Dvs
den ska retunera om man tex har fyra slides för en stam ett hopslaget
medelvärde av M-värdena per genID samt ett hopslaget SD värde för varje
gen. Vi har oftast tre slides per stam några fyra. Jag bifogar en gpr-fil
av stammen SME33 som ska ingå i analysen så ser du hur den är upplagd. Jag
uppskattar verkligen om du har tid och titta på detta.
Uffe skickar också en puss i ljumsken!
Mvh
Monica A, Christel Blomberg, Bakt 3, SMI
Hi Monica,
>
> calcMeanSD can't probably handle that.
>
> There are many ways of doing this, however they may require some
> knowledge of the way R does the indexing...
>
> If your replicate probes are in a regular order (same number of rows
> between each) then this is an easy calculation.
> If they are not, then you may have to somehow re-order the probes and
> then do the calculations... if you send me an example file off-list I
> can have a look at it.
>
> regards,
> Valtteri
>
>
>
> At 22:59 2005-11-16, you wrote:
>>Hi, I wonder if you could use the R-function calcMeanSD for more than
>>duplicates. I've tried to change the code but still the function only
>>count for duplicates. Do it exist some other function that calculate the
>>same but for sevral replicates?
>>
>>H/Monica
>>
>>****************************************************************************
>>Mailing list for KTH-package. For more information see:
>>www.biotech.kth.se/molbio/microarray
>>To change the settings or unsubscribe:
>>//www.freelists.org/cgi-bin/list?list_id=kth-package
>>To send mail to the list use: kth-package@xxxxxxxxxxxxx
>>To get information on how the mailing list works, send an empty
>>e-mail with the word 'faq' to kth-package-request@xxxxxxxxxxxxx
>>***************************************************************************
>
>
> ****************************************************************************
> Mailing list for KTH-package. For more information see:
> www.biotech.kth.se/molbio/microarray
> To change the settings or unsubscribe:
> //www.freelists.org/cgi-bin/list?list_id=kth-package
> To send mail to the list use: kth-package@xxxxxxxxxxxxx
> To get information on how the mailing list works, send an empty e-mail
> with the word 'faq' to kth-package-request@xxxxxxxxxxxxx
> ***************************************************************************
>
>
Other related posts:
