[qfish] Re: correcting for bias in gear characterization study

  • From: "Lee, Laura" <laura.lee@xxxxxxxxxx>
  • To: "qfish@xxxxxxxxxxxxx" <qfish@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Thu, 26 Jan 2017 13:39:14 +0000

Thanks, Bob. I’ll definitely look into that. It’s an approach I hadn’t 
considered.

From: qfish-bounce@xxxxxxxxxxxxx [mailto:qfish-bounce@xxxxxxxxxxxxx] On Behalf ;
Of Robert O'Boyle
Sent: Wednesday, January 25, 2017 9:07 PM
To: qfish@xxxxxxxxxxxxx
Subject: [qfish] Re: correcting for bias in gear characterization study

Hi Laura

You can get guidance from Paul Conn's hierarchical analysis of noisy survey 
data (Can J FAS 2010 67: 108 -120). While he uses a Bayesian approach, a 
state-space approach is also possible. An unobserved abundance is sampled by a 
suite of survey gears, which produces a suite of noisy time series. In your 
problem, each set of your survey represents a progression of the unoberved 
abundance over a a short time period, involving different times of day. You 
could have coefficients for each time of day. Each set is then sampled by gear 
from each side of the vessel. You could consider the port and starboard sets as 
representing separate survey indices with distinct catchability coefficents and 
CVs. A state space approach would allow estimate of the time of day 
coefficients (and associated CV) and port/starboard coefficients (and 
associated CV). Paul's paper gives some guidance on how this problem can be 
formulated.

Hope this helps.

Cheers

Bob

On 23 January 2017 at 08:48, Lee, Laura 
<laura.lee@xxxxxxxxxx<mailto:laura.lee@xxxxxxxxxx>> wrote:
Hi all!

This is not a stock assessment question, but I felt the audience of this 
listserv would have the answer.

Some background…the study is a gear characterization project looking at paired 
hauls from a trawling vessel to compare catches in the experimental net to 
those of the control net. We are looking at three different experimental gears. 
Ideally, the control and experimental nets are swapped between the port and 
starboard sides so that each gear (control or experimental) tows on each side 
the same number of times as the other gear. This was not always the case. For 
example, in testing of one of the gears, the control gear was on the port side 
20 times and on the starboard side 4 times. If there is a side bias, this 
unequal towing could magnify differences in results.

Another analyst I’m working with “solved” this problem by randomly identifying 
and eliminating 16 of the tows in which the control gear was on the port side 
so the analysis was restricted to tows for which each gear was on each side 4 
times (for the example above). This does not seem correct to me.

I’ve run randomization tests to test for side bias (and day/night bias) in the 
catches of select species. There is a side bias (and sometimes a time of day 
bias) in some cases. What is the best way to adjust for this bias so I can 
determine whether the difference between the control and experimental gear 
catches is due to the gear modification alone.

I hope this makes sense. Thanks so much for your time!

Cheers,

Laura


Laura M. Lee
Senior Stock Assessment Scientist
Division of Marine Fisheries
Department of Environmental Quality

252 808 8094<tel:(252)%20808-8094>    office
252 726 6062<tel:(252)%20726-6062>    fax
Laura.Lee@xxxxxxxxxx<mailto:Laura.Lee@xxxxxxxxxx>

3441 Arendell Street
P.O. Box 769
Morehead City, NC 28557-0769

[cid:image001.png@01D277AF.AB66D130]

Email correspondence to and from this address is subject to the
North Carolina Public Records Law and may be disclosed to third parties.





PNG image

Other related posts: