[PWC-MEDIA] NIOO Persbericht: Promovendus bedenkt nieuwe 'volwassen' techniek voor onderzoek DNA-schakelaars in plant & dier

  • From: "Rienks, Froukje" <F.Rienks@xxxxxxxxxxxx>
  • To: "'pwc-media@xxxxxxxxxxxxx'" <pwc-media@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Tue, 9 Feb 2016 11:17:13 +0000

Persbericht, 9 februari 2016
Veel sneller en goedkoper DNA-schakelaars van plant & dier achterhalen:
promovendus bedenkt nieuwe 'volwassen' techniek voor epigenetisch onderzoek in 
ecologie

Het vakgebied van de epigenetica is internationaal booming. Ook binnen de 
ecologie, waar het nu eindelijk volwassen is door een nieuwe 
onderzoekstechniek. "Het is goedkoper, sneller en je kunt onderzoek doen dat 
eerder onmogelijk was." Tijd om te kijken hoe belangrijk epigenetische 
veranderingen precies zijn voor het omgaan met klimaatverandering, plagen en 
andere stress. De onderzoekers publiceren nu onder leiding van het Nederlands 
Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) hun techniek in Nature Methods.

Het zit niet in je genen, maar toch is het erfelijk. Rara, wat is het? 
Zogenaamde 'epigenetische' aanhangsels - epi betekent 'op' - aan je DNA die 
snel kunnen wisselen, zo genen aan of uit kunnen zetten en waarschijnlijk heel 
veel bepalen.

[cid:image004.jpg@01D16332.DEFC8220]"Het veld ingaan en zonder voorkennis iets 
in detail zeggen over epigenetische variatie in een willekeurige plantensoort 
was simpelweg onmogelijk," legt NIOO-onderzoeker en bedenker van de nieuwe 
epiGBS-techniek Thomas van Gurp uit. Het juiste 'gereedschap' miste. Samen met 
lab-technicus Niels Wagemaker van de Radboud Universiteit Nijmegen en 
onderzoekers van Wageningen University is het idee van de epiGBS-methode verder 
uitgewerkt en getest. "Met onze nieuwe methode kan het nu wel."

Wereldwijd is de aandacht van onderzoekers voor epigenetica enorm. Bij mensen 
zijn er verbanden met de ontwikkeling van kankercellen en het tijdens de 
zwangerschap doorgeven van milieuprikkels aan het ongeboren kind - denk aan 
roken, of de hongerwinter. Sinds niet al te lang is het belang ook binnen het 
ecologisch en evolutionair onderzoek doorgedrongen. Zijn snelle epigenetische 
veranderingen betrokken bij het overleven van plagen en klimaatverandering in 
de natuur?

Zich kunnen aanpassen is essentieel in ecologie en evolutie. Aanpassen via de 
genen gaat niet altijd even snel, maar epigenetisch wel. "Dat is ook voor 
telers van gewassen heel interessant," weet Van Gurp. "Kun je de volgende 
generatie plantjes beter aangepast maken door de ouders alvast een bepaalde 
behandeling te geven?

Hoe ga je te werk? Je verzamelt tientallen tot wel honderden monsters van 
bijvoorbeeld planten. Stap 2: je isoleert daar DNA uit. Dan komt de nieuwe 
methode, die alleen bepaalde stukjes van het DNA karakteriseert. En dat is 
zowel voor de genen (genetisch) als voor de wijzigingen op de genen 
(epigenetisch). Van Gurp legt het uit, terwijl hij met zijn armen DNA-strengen 
uitbeeldt. "Met die informatie kun je zo in één klap een heleboel duiden: dat 
is gen zus, dat is transposon zo en dat is epigenetische variatie. Dit kan dan 
zelfs, of beter gezegd juist, bij soorten waar je nog helemaal niets vanaf 
wist. Of zoals wij onderzoekers dat noemen: zonder het referentiegenoom van een 
modelsoort." En dat binnen twee weken. Met maar een paar modelsoorten tegenover 
die enorme biodiversiteit op aarde is dat bijzonder handig.

Er bestonden al technieken voor het scannen op epigenetische methylgroepen. 
"Maar die waren of erg onvolledig of alleen mogelijk als je al een 
referentiegenoom had. Dat eerste liet nog een hoop te raden over, en dat 
laatste kostte veel tijd en geld - dus geen optie voor 'gewone' soorten." Aan 
het woord is hoofdonderzoeker Koen Verhoeven. "Beide problemen hebben we nu 
opgelost." Dat hebben de onderzoekers gedaan via een slimme combinatie van 
DNA-technieken en krachtige bio-informatica om de stukjes informatie de juiste 
plek te geven. "Eigenlijk maak je uit het niets een genetische én epigenetische 
kaart voor duizenden stukjes DNA van die plant of dat dier."
Is meteen een ander groot probleem opgelost: de verschillen in de 
onderzoeksresultaten die soms opduiken tussen de modelsoorten zoals de 
zandraket (Arabidopsis) waar je alles van wist en andere soorten. "Komt dat 
door de verschillen in de soorten of door verschillen in de technieken? En dat 
is funest voor het onderzoek..." Maar vergelijking is vanaf nu wél mogelijk.

Verhoeven: "Met deze nieuwe techniek is het vakgebied van de ecologische 
epigenetica een stuk volwassener geworden."
__________________________________________________________________________
Het NIOO<http://www.nioo.knaw.nl/> is met ruim 300 medewerkers en studenten een 
van de grootste onderzoeksinstituten van de Koninklijke Nederlandse Akademie 
van Wetenschappen (KNAW). Het is gespecialiseerd in de ecologie van het water 
en het land. Sinds 2011 is het gevestigd in een innovatief en duurzaam 
onderzoekspand in Wageningen. De historie van het onderzoek gaat meer dan 60 
jaar terug en loopt door ons hele land, en ver daarbuiten.

Voor meer informatie:

·       Eerste auteur en promovendus Thomas van 
Gurp<https://nioo.knaw.nl/nl/employees/thomas-van-gurp> M.Sc., afdeling 
Terrestrische Ecologie NIOO-KNAW, tel. 0317-473 631/ 06-47242109, 
t.vangurp@xxxxxxxxxxxx<mailto:t.vangurp@xxxxxxxxxxxx>

·       Hoofdonderzoeker dr. Koen 
Verhoeven<https://nioo.knaw.nl/nl/employees/koen-verhoeven>, afdeling 
Terrestrische Ecologie NIOO-KNAW, tel. 06-54971838, 
k.verhoeven@xxxxxxxxxxxx<mailto:k.verhoeven@xxxxxxxxxxxx>

·       Wetenschapsvoorlichter ir. Froukje Rienks, NIOO-KNAW, tel. 06-10487481 
/ 0317-473590, f.rienks@xxxxxxxxxxxx<mailto:f.rienks@xxxxxxxxxxxx>

Animatie: Epigenetica uitgelegd, bij paardenbloemen! Zie file en uitleg op: 
https://youtu.be/YA-S_r4ntR4


Artikel: epiGBS: reference-free reduced representation bisulfite sequencing. 
Thomas P. van Gurp, Niels C.A.M. Wagemaker, Björn Wouters, Philippine Vergeer, 
Joop N.J. Ouborg & Koen J.F. Verhoeven. Nature Methods, maandagavond 8 februari 
2016 (Advance Online Publication): 
www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3763.html<http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3763.html>

Webversie van dit persbericht: 
www.nioo.knaw.nl/nl/pers/veel-sneller-en-goedkoper-dna-schakelaars-van-plant-dier-achterhalen<http://www.nioo.knaw.nl/nl/pers/veel-sneller-en-goedkoper-dna-schakelaars-van-plant-dier-achterhalen>

Twitter: @niooknaw<https://twitter.com/niooknaw>
Website: www.nioo.knaw.nl<http://www.nioo.knaw.nl/>



Als u dit persbericht ten onrechte ontvangt of geen persberichten meer wenst te 
ontvangen, meld dat dan s.v.p. via 
communicatie@xxxxxxxxxxxx<mailto:communicatie@xxxxxxxxxxxx>.


Froukje Rienks
Wetenschapsvoorlichter  / Hoofd PR & Wetenschapscommunicatie
Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW)
Bureau Bedrijfsvoering
Droevendaalsesteeg 10, 6708 PB Wageningen
Postbus 50, 6700 AB Wageningen
T 0317-473590
M 06-10487481
f.rienks@xxxxxxxxxxxx<mailto:f.rienks@xxxxxxxxxxxx>
www.nioo.knaw.nl<http://www.nioo.knaw.nl/>
@niooknaw (Twitter)<twitter.com/niooknaw>
Het NIOO is het onderzoeksinstituut voor ecologie van de Koninklijke 
Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW)

JPEG image

JPEG image

Other related posts:

  • » [PWC-MEDIA] NIOO Persbericht: Promovendus bedenkt nieuwe 'volwassen' techniek voor onderzoek DNA-schakelaars in plant & dier - Rienks, Froukje