[nuig_bioinf] Re: Bioinformatics Journal Club

  • From: "Yang, Haixuan" <haixuan.yang@xxxxxxxxxxxx>
  • To: "Golden, Aaron" <aaron.golden@xxxxxxxxxxxx>, Ó Broin, Pilib <pilib.obroin@xxxxxxxxxxxx>, "thanhngochp@xxxxxxxxx" <thanhngochp@xxxxxxxxx>, "martinelli.bz@xxxxxxxxx" <martinelli.bz@xxxxxxxxx>, "BARBACHAN E SILVA, MARIEL" <M.BARBACHANESILVA2@xxxxxxxxxxxx>, "ALSULTAN, DALAL" <D.ALSULTAN1@xxxxxxxxxxxx>, "CONNOLLY, NIAMH" <N.CONNOLLY8@xxxxxxxxxxxx>, "DIGBY, BARRY" <B.DIGBY1@xxxxxxxxxxxx>, "FLEMING, MUIREANN" <M.FLEMING9@xxxxxxxxxxxx>, "Seoighe, Cathal" <cathal.seoighe@xxxxxxxxxxxx>, "IDOWU, OLATEJU" <O.IDOWU1@xxxxxxxxxxxx>, "KING, CATHAL" <C.KING24@xxxxxxxxxxxx>, "MC LOUGHLIN, STEVEN" <S.MCLOUGHLIN28@xxxxxxxxxxxx>, "MEDINA, TYLER" <T.MEDINA1@xxxxxxxxxxxx>, "O BRIEN, GRACE" <G.OBRIEN12@xxxxxxxxxxxx>, "PETERS, ANDREW" <A.PETERS4@xxxxxxxxxxxx>, "QUINN, ELISSA" <E.QUINN37@xxxxxxxxxxxx>, "RASHMIN SOLANKI, DHVANI" <D.RASHMINSOLANKI1@xxxxxxxxxxxx>, "SHAJU, DONA" <D.SHAJU1@xxxxxxxxxxxx>, "STAFFORD, NIAMH" <N.STAFFORD1@xxxxxxxxxxxx>, "GRENDA, ANNA" <A.GRENDA1@xxxxxxxxxxxx>, "BRESLIN, NAOMI" <N.BRESLIN4@xxxxxxxxxxxx>
  • Date: Mon, 19 Feb 2018 14:43:40 +0000

Dear All,

STEVEN MC LOUGHLIN  will give a talk on " Rapid resistome mapping using 
nanopore sequencing".
Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5416750/


TYLER MEDINA will give a talk on "Nucleosome organisation and CENP-C 
distribution at satellite-free centromeres in Equus asinus" (an unpublished 
doctoral thesis by Joseph McCarter).
Abstract:  Centromeres are distinct epigenetic loci present in single copy per 
chromosome. Defined by the presence of the histone H3 variant CENP-A, 
centromeres play a vital role in chromosome segregation via the kinetochore and 
mitotic apparatus. CENP-C plays an important role in CENP-A deposition onto 
chromatin and acts as a primary anchor between the centromeric chromatin and 
kinetochore interface. Due to the typical association of centromeres with 
arrays of repetitive satellite DNA, chromatin profiling using next generation 
sequencing methods remains quite challenging and the subunit organization of 
centromeres at a molecular level in unclear. We present our analysis of a 
system of naturally occurring satellite-free centromeres in Equus asinus - the 
domestic donkey. Donkey skin fibroblasts were subject to ChIP-seq using 
antibodies against CENP-A and CENP-C, revealing sixteen centromeres in the 
donkey genome that are not associated with classical satellite DNA sequences 
but rather are formed at satellite-free sequence domains. A native ChIP-seq 
approach has also been carried out to investigate nucleosome distribution 
across these centromere domains.

Best,
Haixuan

Presentations from the MSc class (each shall give a 25-minutes talk):

Mar-01  GRACE   O BRIEN, ANDREW PETERS
Mar-08  ELISSA QUINN, DHVANI RASHMIN SOLANKI
Mar-15  DONA   SHAJU STAFFORD, NIAMH  STAFFORD

Mar-22 DALAL   ALSULTAN ,  NAOMI BRESLIN
Apr-12  ANNA    GRENDA
Apr-19
Apr-26

Other related posts:

  1. Home
  2. nuig_bioinf
  3. Archive
  4. 02-2018