[mira_talk] Re: Nanopore support

  • From: Bastien Chevreux <bach@xxxxxxxxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Mon, 7 Mar 2016 12:02:31 -0500 (EST)

You are free to use any external scaffolder out there. But I do suggest you try
canu first for nanopore data as MIRA is bound to produce at least unexpected
results when being confronted with nanopore.
 
B.
 

On March 7, 2016 at 10:58 AM Adrian Pelin <apelin20@xxxxxxxxx> wrote:

 Is it possible to add a scaffolding algorithm based on the data? Essentially
find k-mers in the nanopore read belonging to 2 contigs suggesting they are
linked?
  
 Thanks for the input, Adrian

 On Monday, 7 March 2016, Bastien Chevreux <bach@xxxxxxxxxxxx
mailto:bach@xxxxxxxxxxxx ;> wrote:
   > >    I currently do not plan to support nanopore with MIRA 4 or 5. The
   > > fragmentation when feeding ~10% erroneous data does not really surprise
   > > me.
    
   B.
    

    > > > On March 7, 2016 at 9:33 AM Adrian Pelin <apelin20@xxxxxxxxx>
    > > > wrote:

    Hello,

    I was wondering if there would be support eventually for nanocorrected
data of nanopore reads. These can now achieve error rates below 10%.

    I am trying to feed these as pacbiohq, however am getting very
fragmented assemblies.

    Adrian

   > > 
    
 > 

 

Other related posts: