[lista_ecologia] Postdoc: UGuelph.8.Biodiversity

  • From: "André Frainer" <dmarc-noreply@xxxxxxxxxxxxx> ("andre.frainer")
  • To: "lista_ecologia@xxxxxxxxxxxxx" <lista_ecologia@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Wed, 2 Mar 2022 12:25:44 +0000

--------------------------------------------------------------------------
Grupo para divulgação de oportunidades em ecologia: 
Para publicar, envie e-mail para <lista_ecologia @ freelists.org>
Para entrar ou sair da lista, visite o site: 
https://www.freelists.org/list/lista_ecologia ou envie e-mail para ;
<lista_ecologia-request @ freelists.org> com “subscribe” ou “unsubscribe” (sem 
aspas) no campo assunto.
Quaisquer dúvidas, contate <lista_ecologia-moderators @ freelists.org> ou 
<andre.frainer @ uit.no>

-----Original Message-----
From: Tommi Nyman <tommi.nyman@xxxxxxxx> 
Sent: onsdag 2. mars 2022 12:52
To: norbol@xxxxxxxxxx
Subject: VS: [norbol] Postdoc: UGuelph.8.Biodiversity

Forwarded from the FinBOL mailing list... Mvh, Tommi



BIOSCAN: Transforming Biodiversity Science

An Exceptional Opportunity for Early Career Researchers

The International Barcode of Life Consortium (iBOL) is coordinating a series of 
research programs that will register all multicellular species and activate a 
global biosurveillance system within 25 years. BIOSCAN, its current program, is 
an 8-year, $180 million effort involving organizations in 40 nations. Its 
scientific work focuses on three major themes – species discovery, 
interactions, and dynamics. This work will be advanced by exploiting the latest 
developments in DNA sequencing, AI, data science, and machine learning. This 
scientific work will support important applications designed to improve the 
sustainability of agriculture, forestry, and mining. Furthermore, BIOSCAN aims 
to ensure its science influences society through policy change. Further details 
are available at https://bioscan.life/

Because BIOSCAN’s activities are rapidly expanding in Canada and 
internationally, this is the perfect time to join an enterprise that will 
transform our understanding of biodiversity and our capacity to manage it. We 
seek early career researchers (ECRs) to join us in leading Canada’s 
contribution to BIOSCAN. If selected, you will work with leading Canadian 
researchers in biodiversity science, genomics, and computer science to achieve 
BIOSCAN’s mission. There will be strong opportunities for cross-disciplinary 
training, for national and international travel, and for carrying out impactful 
science. See following page for a detailed description of each position.

Postdoctoral fellow, Hebert Lab (6 positions) Principal Investigator: Dr. Paul 
Hebert
Summary: These postdoctoral fellows will advance work on species discovery in 
both Canada and internationally. As more than 10 million specimens will be 
analyzed over the next six years, those selected for these positions will have 
access to unprecedented datasets in terms of both geographic breadth and 
taxonomic coverage. Work will involve the acquisition and analysis of long-read 
DNA sequences generated by in-house PacBio Sequel and Sequel II platforms 
supported by a strong team of analysts. Tens of thousands of species new to 
science will be registered, motivating the search for improved methods to 
discriminate species and to speed their description. Prior experience with 
arthropod taxonomy, especially with Acarina, Collembola, Hemiptera, 
Hymenoptera, or Lepidoptera is desirable. Candidates who couple such expertise 
with a background in DNA barcoding, metabarcoding, or molecular evolution will 
be ideal for these positions.

Postdoctoral fellow, Hajibabaei Lab (1 position) Principal Investigator: Dr. 
Mehrdad Hajibabaei
Summary: Our lab uses genomic methods to investigate biodiversity and its 
changes at various levels of organization and scales. This postdoctoral 
position will help advance the development of bioinformatic tools for the 
rapidly advancing field that uses metabarcoding and related approaches.
This could involve the development of new tools or improvement of existing 
tools to be more scalable or user-friendly. Potential candidates should be 
comfortable working in a command-line Linux environment, and they should be 
familiar with a scripting language such as Python or Perl.
Candidates should have experience in R and be comfortable performing basic 
statistical tests in R or Python as required. An interest in or experience 
implementing machine learning (ML) techniques using R or Python would be an 
asset but not required. Any previous experience with field work, molecular 
biology work, analyzing metabarcoding or other genomics data should be 
mentioned in your application. Our lab provides an excellent training 
environment for motivated candidates with a willingness to learn or further 
develop proficiency with scripting/coding/ML methods. Our team has expertise in 
ecology-evolutionary biology, bioinformatics, and computational biology. Your 
application should list your technical skills (platforms, languages, programs) 
and highlight relevant course work as well as how you have applied your 
technical expertise to address problems in the fields of ecology/ evolutionary 
biology/genomics or related fields.

Postdoctoral fellow, Machine Learning Research Group (1 position) Principal 
Investigator: Dr. Graham Taylor
Summary: We seek a postdoctoral fellow to be based in the Machine Learning 
Research Group at the University of Guelph and affiliated with the Vector 
Institute for Artificial Intelligence, a network of more than 600 AI 
researchers. You are motivated to advance AI/ML research in the service of 
BIOSCAN’s ambitious global mission. You will have the opportunity to work on 
projects that span computer vision and DNA sequence analysis. For vision, this 
involves pushing the limits of fine-grained recognition for taxonomic 
categorization using techniques such as self-supervised learning, generative 
models and sim2real. For DNA sequences, this involves graph representation 
learning to predict missing links and evolutionary paths from recovered 
structures. The data collected in BIOSCAN will also support learning joint 
visual-DNA representations. You have a strong publication record, preferably in 
international conferences such as NeurIPS, ICML, ICLR and CVPR. You are keen to 
raise awareness of biodiversity research in those communities. You have 
mastered Python-based frameworks such as PyTorch/TensorFlow/JAX. You also have 
experience managing experimental workflows on GPU-enabled clusters. You are 
open to and ideally experienced in cross-disciplinary collaboration.

To apply:
Candidates should submit a 2-page letter of interest (outlining key skills and 
background), a full CV, and contact information for two references as one PDF 
to: BIOSCANCanada@xxxxxxxx. Applicants should clearly indicate the position(s) 
that are of most interest.

BIOSCAN supports a culture of inclusion as an organizational imperative. As a 
result, we encourage applications from all qualified individuals, especially 
those from groups traditionally underrepresented in science.

Closing date: Review of applications will commence on March 21, 2022.

Hannah James <hjames@xxxxxxxxxxx>



--------------------------------------------------------------------------
Grupo para divulgação de oportunidades em ecologia: 
"lista_ecologia[at]freelists.org"

Para sair da lista, envie um e-mail para "lista_ecologia-
request[at]freelists.org" com “unsubscribe” no campo assunto ou visite 
https://www.freelists.org/list/lista_ecologia

Quaisquer dúvidas, contacte "lista_ecologia-moderators[at]freelists.org", ou 
"andre.frainer[at]uit.no"

Other related posts:

  • » [lista_ecologia] Postdoc: UGuelph.8.Biodiversity - André Frainer