[gpumd] Re: (no subject)

  • From: Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Thu, 20 Jun 2019 08:33:30 +0300

I am not sure, you can try the latest version 2.4.1.

Zheyong

On Thu, Jun 20, 2019 at 5:46 AM 1830969 <1830969@xxxxxxxxxxxxx> wrote:

I just modified it according to what you said, but it is still the same
mistake. Is there something wrong with my computer? Or maybe it's because
my version is 2.3?
On 6/20/2019 07:24,Bruce Fan<@gmail.com> <brucenju@xxxxxxxxx> wrote:

Hi,

Your inputs run fine in my computer, even without any change.

BTW, the number of neighbors for a cutoff distance of 9.538 A turns out to
be larger than 200.
So make the neighbor list size sufficiently large. This is drawback of the
code: it currently
cannot do this job automatically.

Zheyong

On Wed, Jun 19, 2019 at 8:38 PM Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx> wrote:

Hi,

I have not run your inputs, but a quick look at them reveals some
problems. I may test them when I have time, but you can first have a look
at the following comments:

1) The first few lines in your xyz.in file reads:

22075 3 2.1 0 0 1 1
1 1 1 185.726000 107.229000 40.000000
0 0.00000000 0.00000000 5.00000000 12.01 1 1
0 1.30333990 -0.56436271 5.00000000 12.01 1 1

There are several problems here:
A) The maximal number of neighbors for one atom is only 3, which is too
small for a multi-layer system. You can change it to 200.
B) You initial cutoff distance is also too small. From your LJ potential
file, your largest cutoff distance is around 8.538 A. I suggest you set the
initial cutoff distance to (8.538+1) A, where the extra 1 A can be
considered as a skin distance. You can choose to update the neighbor list
or not, depending on your model.
C) You want to use a vacuum layer? That is not good in GPUMD. I suggest
you simply use free boundaries for the z direction. That is, change "1 1 1"
in the second line to "1 1 0". The reason is that GPUMD will automatically
control the pressure in all directions with periodic boundary conditions if
you use the npt_ber ensemble, which might shrink your box in the direction
with vacuum layer. If you do not use the NPT ensemble, it is OK to have a
vacuum layer.

2) In the run.in file:
There are three instances of the "compute" command within a run:

compute 0 100 200 temperature
compute 0 100 200 jp
compute 0 100 200 jk

This is not the intended grammar. You can change it to

compute 0 100 200 temperature jp jk

=======
Zheyong


On Wed, Jun 19, 2019 at 6:47 PM 1830969 <1830969@xxxxxxxxxxxxx> wrote:

I've been looking for a long time, but I can't figure out what went
wrong.This is a sandwich structure with three potential files,one xyz.in,one
run.in.An error is as follows:
[1]+ Segmentation fault (core dumped) nohup
/public/Wrok/GPUMD/GPUMD-master/src/gpumd < input.txt &


Other related posts: