[gpumd] Re: [gpumd]

  • From: Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Wed, 16 Oct 2019 21:41:20 +0300

Alex,

I though you have changed the grammar :-)

I have not tested multiple potentials after you have changed the keywords
related to the setting up of potentials. Allowing for defining the same
potential twice looks very powerful!

Zheyong

On Wed, Oct 16, 2019 at 9:36 PM Alex Gabourie <agabourie47@xxxxxxxxx> wrote:

Zheyong,

Oh shoot! You are right! Two types requires four entries. To exclude the
intra-layer LJ interactions, the first and last entry in the LJ file should
definitely have a cutoff of 0.

Thank you for correcting me,
  Alex

On 10/16/19 11:31 AM, Bruce Fan wrote:

Alex,

should this
lj 2
2.84e-3 3.405 10.0
2.84e-3 3.405 10.0

be changed to
2.84e-3 3.405 0
2.84e-3 3.405 10.0
2.84e-3 3.405 10.0
2.84e-3 3.405 0

for his problem?

It means that intra-layer LJ is excluded. He is simulating double-layer
graphene.

Zheyong



On Wed, Oct 16, 2019 at 8:24 PM Alex Gabourie <agabourie47@xxxxxxxxx>
wrote:

Mostafa,

It's tough to say exactly what might cause that problem, but I think that
Zheyong is correct in that the LJ potential definition is incorrect. Since
you have two atom types defined, the LJ potential must be of the form 'lj
2'. The fix is simple. Your lj file can look like:

lj 2
2.84e-3 3.405 10.0
2.84e-3 3.405 10.0

Zheyong is also right in that you'll need to increase your neighborlist
size but, if that doesn't work, make sure that you are building GPUMD with
the -DDEBUG flag removed in the makefile. I've had that cause me memory
problems before.

Regards,
  Alex


On 10/16/19 6:58 AM, Bruce Fan wrote:

Hi Mostafa,

So the simulation was done using a developing version, right?

First, I add the contents of your LJ potential file here (you sent me
this in a private email):

lj 1
2.84e-3 3.405 10.0

Will this contradict the line
potential    potentials/lj/c_clj.txt 0 1
in the run.in file?

@Alex Gabourie <gabourie@xxxxxxxxxxxx> How do you think?

Apart from this, I notice a possible source of error in the first line of
xyz.in:
 17466 50 11 0 0 1

Here, the parameter M (maximum number of neighbors) is set to 50. This
seems to be too small for a cutoff of 10 Angstrom (from the LJ part). You
can change it to 500. This might be the reason for the error message you
got.

Best,
Zheyong

On Wed, Oct 16, 2019 at 4:42 PM Mostafa Valadkhani <mostafa.v68@xxxxxxxxx>
wrote:

Hi
Sorry if I ask a lot and time to time. Actually I'm calculating SHC with
lammps using Kimmo Codes and wanna relate it somehow with the results from
GPUMD.
I wanna calculate SHC on the bilayer/monolayer graphene as your paper
with Ali.The attachments are my inputs, when I run the script following
error comes up:

CUDA Error:
    File:       neighbor_ON1.cu
    Line:       245
    Error code: 700
    Error text: an illegal memory access was encountered

can you give me some hints as always?
And I'm looking forward for your implementation of GKMA on GPUMD too.
Thanks,
M.V.




Other related posts: