[gpumd] Re: Unusual periodic boundary display in movie.xyz

  • From: Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Sun, 17 Nov 2019 11:40:01 +0200

LMight be due to a problematic potential. So CH4 molecules is not confined
within the water crystal?
You have not "neighbor" keyword, which explains why some atoms are far away
from the center box,
but this should be not the reason for the instability of the system.

Suggestion: check if GPUMD gives the same forces as from LAMMPS.

Zheyong







On Sun, Nov 17, 2019 at 10:55 AM Kick Hsu <kickhsu@xxxxxxxxx> wrote:

Dear GPUMD users:

Recently, I submit a sI-type methane hydrate simulation, which has a wrong
periodic boundary display.
In the xyz.in, the head three lines:
432 150 9 0 0 0
1 1 1 24.0599994 24.0599994 24.0599994
1 0.0 6.0149999 0.0 16.04276
................................
My run.in is:
potential           sI-Point-GPUMD.txt 0 1
velocity            300
ensemble        npt_ber 300 300 0.01 1 1 1 0.0005
time_step           1
dump_thermo     100
dump_position   500
run                   10000
Regardless of whether the potential file is incorrect, GPUMD may have
problems.

Thank you.

Ke.
[image: sendpix34.jpg]

JPEG image

Other related posts:

  1. Home
  2. gpumd
  3. Archive
  4. 11-2019