[gpumd] Unusual periodic boundary display in movie.xyz

  • From: Kick Hsu <kickhsu@xxxxxxxxx>
  • To: GPUMD <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Sun, 17 Nov 2019 16:54:08 +0800

Dear GPUMD users:

Recently, I submit a sI-type methane hydrate simulation, which has a wrong
periodic boundary display.
In the xyz.in, the head three lines:

432 150 9 0 0 0
1 1 1 24.0599994 24.0599994 24.0599994
1 0.0 6.0149999 0.0 16.04276
................................
My run.in is:
potential           sI-Point-GPUMD.txt 0 1
velocity            300
ensemble        npt_ber 300 300 0.01 1 1 1 0.0005
time_step           1
dump_thermo     100
dump_position   500
run                   10000
Regardless of whether the potential file is incorrect, GPUMD may have
problems.

Thank you.

Ke.
[image: sendpix34.jpg]

JPEG image

sw_1985 2
1.8919640428361579592 0.6022245584 1.80 2.3925 1.20
0.0397410106458991952 0.6022245584 1.80 3.2000 1.20
0.0000000000000000000 0.6022245584 1.80 0.0000 1.20
6.213008797240 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333
0.000 -0.333333333333

#W W W 0.2683805096 2.3925 1.80 23.15 1.20 -0.333313247 7.049558277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#C C C 0.0000000000 0.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049558277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#W W C 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#W C C 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#C W W 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#C W C 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#C C W 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#W C W 0.0056373776 3.2000 1.80 0.000 1.20 -0.333313247 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0

#sw_1985 2
#1.8919640428361579592 0.6022245584 1.80 2.3925 1.20
#0.0550253115201235000 0.6022245584 1.80 4.0000 1.20
#0.1039386872360880000 0.6022245584 1.80 4.0800 1.20
#6.213008797240 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333
#0.000 -0.333333333333

# A_00 B_00 a_00 sigma_00 gamma_00
# lambda_000 cos0_000
#             eps      sigma    a lambda gamma    cos(theta)      A           B 
        p   q  tol
#Ga Ga Ga 0.2683805096 2.3925 1.80 23.15 1.20 -0.333333333333 7.049558277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#N  N  N  0.0147440000 4.0800 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049558277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#Ga Ga N  0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#Ga N  N  0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#N  Ga Ga 0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#N  Ga N  0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#N  N  Ga 0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0
#Ga N  Ga 0.0078055000 4.0000 1.80 0.000 1.20 -0.333333333333 7.049556277 
0.6022245584 4.0 0.0 0.0

Attachment: run.in
Description: Binary data

Attachment: input
Description: Binary data

Attachment: xyz.in
Description: Binary data

Other related posts: