[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes

  • From: Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Tue, 28 Jan 2020 06:29:10 +0800

It is not likely due to different GPUs. The code should work on any GPU
starting from K20 to newer ones in the same way. Is your NaN reproducible
in a particular machine?

Zheyong

On Tue, Jan 28, 2020 at 6:14 AM Joakim Brorsson <joabro@xxxxxxxxxxx> wrote:

Hi Zheyoung

When I run the same simulations on a Tesla K40 GPU on another computer
cluster I do not seem to encounter any problems, since the thermo.out does
not contain any nan results. Therefore, the problems are most probably
related to the GPUMD compilation or the graphics card, which I believe was
installed quite recently. I will do some further tests and try to recompile
the GPUMD, possibly with other flags and see if this makes any difference.
Also I might decrease the tolerance when generating the GPUMD potentials.

With regards

Joakim
------------------------------
*From:* gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx <gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf
of Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
*Sent:* Monday, January 27, 2020 10:43:36 PM
*To:* gpumd@xxxxxxxxxxxxx <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Subject:* [gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes

Fredrik,

I guess your results indicate a bug in the code related to the volume
calculation somewhere, but I need the inputs which can reproduce the errors
to work with.

Zheyong

On Tue, Jan 28, 2020 at 5:37 AM Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx> wrote:

Hi Joakim,

I am running the latest GPUMD with your inputs. It is OK up to 600+ lines
of outputs in thermo.out (still running in my laptop). I think your NAN
just meas that you have encountered one case of failure for the FCP
potential. I think this kind of failure is not very predictable.

For Fredrik's problem, I still need the inputs to dig into it.

Zheyong





On Tue, Jan 28, 2020 at 2:55 AM Joakim Brorsson <joabro@xxxxxxxxxxx>
wrote:

Hi Zheyong



I have attached tar archives with the potentials as well as the input
files. Interestingly, the first 158 lines in thermos.out, which I have
attached, looks fine, but then something happens since the first 6 columns
become nan.



With regards



Joakim



*From: *<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf of Bruce Fan <
brucenju@xxxxxxxxx>
*Reply-To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Date: *Monday, 27 January 2020 at 16:03
*To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Subject: *[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes



yes, I need one example to reproduce the error.



Zheyong



Joakim Brorsson <joabro@xxxxxxxxxxx> 于 2020年1月27日周一 13:34写道:

Hi Zheyong



I am experiencing a similar problem. When I run simulations for a
triclinic case I get nan values in the output from comute_hnemd,
compute_dos, compute_shc as well as dump_thermo so this problem seems to be
quite general in nature. I am running a few simulations for a orthogonal
cell, but these are not finished. Do you want me to send you the input
files?



With regards



Joakim



*From: *<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf of Bruce Fan <
brucenju@xxxxxxxxx>
*Reply-To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Date: *Friday, 24 January 2020 at 18:49
*To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Subject: *[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes



Hi Fredrik, Could you send all the inputs for the triclinic case? And
the latest developing version is used?



Zheyong

Fredrik Eriksson <freeriks@xxxxxxxxxxx> 于 2020年1月24日周五 19:41写道:

Hi!



I'm trying to run the EMD method using the built in MoS2 potential.  For
orthogonal boxes it works fine

xyz.in:

1350 744 5 0 0 0
1 1 1 28.33917984  27.26938851539536 31.0

but if the box is triclinic

xyz.in:

1350 744 5 1 0 0
1 1 1 28.33917984 0.0 0.0 0.0 27.26938851539536 0.0 0.0 0.0 31.0



it seem to output -nan and inf in column 7-11 in the hac.out file.



Is this a bug or a feature? Can I still trust the hac results and
compute the thermal conductivity manually?



Cheers!

Fredrik Eriksson


Other related posts: