[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes

  • From: Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Tue, 28 Jan 2020 05:43:36 +0800

Fredrik,

I guess your results indicate a bug in the code related to the volume
calculation somewhere, but I need the inputs which can reproduce the errors
to work with.

Zheyong

On Tue, Jan 28, 2020 at 5:37 AM Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx> wrote:

Hi Joakim,

I am running the latest GPUMD with your inputs. It is OK up to 600+ lines
of outputs in thermo.out (still running in my laptop). I think your NAN
just meas that you have encountered one case of failure for the FCP
potential. I think this kind of failure is not very predictable.

For Fredrik's problem, I still need the inputs to dig into it.

Zheyong





On Tue, Jan 28, 2020 at 2:55 AM Joakim Brorsson <joabro@xxxxxxxxxxx>
wrote:

Hi Zheyong



I have attached tar archives with the potentials as well as the input
files. Interestingly, the first 158 lines in thermos.out, which I have
attached, looks fine, but then something happens since the first 6 columns
become nan.



With regards



Joakim



*From: *<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf of Bruce Fan <
brucenju@xxxxxxxxx>
*Reply-To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Date: *Monday, 27 January 2020 at 16:03
*To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Subject: *[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes



yes, I need one example to reproduce the error.



Zheyong



Joakim Brorsson <joabro@xxxxxxxxxxx> 于 2020年1月27日周一 13:34写道:

Hi Zheyong



I am experiencing a similar problem. When I run simulations for a
triclinic case I get nan values in the output from comute_hnemd,
compute_dos, compute_shc as well as dump_thermo so this problem seems to be
quite general in nature. I am running a few simulations for a orthogonal
cell, but these are not finished. Do you want me to send you the input
files?



With regards



Joakim



*From: *<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf of Bruce Fan <
brucenju@xxxxxxxxx>
*Reply-To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Date: *Friday, 24 January 2020 at 18:49
*To: *"gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
*Subject: *[gpumd] Re: Question about EMD and triclinic boxes



Hi Fredrik, Could you send all the inputs for the triclinic case? And the
latest developing version is used?



Zheyong

Fredrik Eriksson <freeriks@xxxxxxxxxxx> 于 2020年1月24日周五 19:41写道:

Hi!



I'm trying to run the EMD method using the built in MoS2 potential.  For
orthogonal boxes it works fine

xyz.in:

1350 744 5 0 0 0
1 1 1 28.33917984  27.26938851539536 31.0

but if the box is triclinic

xyz.in:

1350 744 5 1 0 0
1 1 1 28.33917984 0.0 0.0 0.0 27.26938851539536 0.0 0.0 0.0 31.0



it seem to output -nan and inf in column 7-11 in the hac.out file.



Is this a bug or a feature? Can I still trust the hac results and compute
the thermal conductivity manually?



Cheers!

Fredrik Eriksson


Other related posts: