[gpumd] Question about EMD and triclinic boxes

  • From: Fredrik Eriksson <freeriks@xxxxxxxxxxx>
  • To: "gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Fri, 24 Jan 2020 13:39:59 +0000

Hi!


I'm trying to run the EMD method using the built in MoS2 potential.  For 
orthogonal boxes it works fine

xyz.in:
1350 744 5 0 0 0
1 1 1 28.33917984  27.26938851539536 31.0


but if the box is triclinic

xyz.in:

1350 744 5 1 0 0
1 1 1 28.33917984 0.0 0.0 0.0 27.26938851539536 0.0 0.0 0.0 31.0


it seem to output -nan and inf in column 7-11 in the hac.out file.


Is this a bug or a feature? Can I still trust the hac results and compute the 
thermal conductivity manually?


Cheers!

Fredrik Eriksson

Other related posts: