[gpumd] Large size NEMD simulation.

  • From: "소순성" <soonsung2001@xxxxxxxxxx>
  • To: <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Wed, 14 Oct 2020 13:12:58 +0900

Thank you Zheyong Fan for using this good GPUMD program. 
I have questions of this week.

I tested the  NEMD calculation of very large size of graphene sheet,
(20nm x 30micro, about 22 million C atoms, x,z free boundary and y periodic 
boundary, and biased in y direction.)

and found that the degree of energy of the thermostat coupling to the heat sink 
region which is increasing is different with that to the sink region. 
The absolute values of the slopes of the lines are different although total 
energy seems stable.

It is my run.in file and I attached the part of information (It is continuing 
because of very large size calculation!)
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
potential /GPUMD-2.5.1/potentials/tersoff/Graphene_Lindsay_2010_modified.txt 0
velocity     300

ensemble     nvt_ber 300 300 0.005
fix          0
time_step    0.5
dump_thermo  1000
run          2000000

# production
ensemble     heat_lan 300 500 100 1 8
fix          0
compute      0 100 10 temperature
compute_shc   2 250 1 1000 500.0 group 0 0
dump_position 1000000
dump_thermo  1000
run          20000000
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
Number of atoms is 22816728.
Maximum number of neighbors is 12.
Initial cutoff for neighbor list is 3 A.
Use orthogonal box.
Do not specify initial velocities here.
Have 1 grouping method(s).
Box lengths are
    Lx =     1.9926000000e+02 A
    Ly =     2.9999772000e+05 A
    Lz =     3.3540000000e+00 A
Use     free boundary conditions along x.
Use periodic boundary conditions along y.
Use     free boundary conditions along z.
There are 9 groups of atoms in grouping method 0.
    136728 atoms in group 0.
    2835000 atoms in group 1.
    2835000 atoms in group 2.
    2835000 atoms in group 3.
    2835000 atoms in group 4.
    2835000 atoms in group 5.
    2835000 atoms in group 6.
    2835000 atoms in group 7.
    2835000 atoms in group 8.
There is only one atom type.
    22816728 atoms of type 0.
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

How can I interpret  it? (Is it right simulation?)
Did the number of atoms in group 0 affect to the result?







Soonsung.













Attachment: temp_source_sink.ps
Description: PostScript document

Attachment: test_nemd.png
Description: PNG image

Other related posts: