[gpumd] Re: Compiling errors for the GPUMD code with NEP updates

  • From: "Yuan, Liang" <Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx>
  • To: "gpumd@xxxxxxxxxxxxx" <gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Wed, 1 Sep 2021 12:07:50 +0000

Hi Zheyong,


Thanks very much for the updates.

I am in the process of testing the GPUMD+NEP methods.

I will contact you with more details if there is trouble.


Thank you again for consistently providing me help.


With best regards,

Liang

--------------

Liang Yuan

Bayerisches Geoinstitut

Universitätsstraße 30, 95447 Bayreuth, Germany
https://www.bgi.uni-bayreuth.de/?page=4&lng=en&mode=s&id=342


________________________________
From: gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx <gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx> on behalf of 
Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx>
Sent: 31 August 2021 23:18
To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
Subject: [gpumd] Re: Compiling errors for the GPUMD code with NEP updates

Hello,

If you still have this memory problem, you can try to use this code 
(https://github.com/brucefan1983/GPUMD/tree/master/tools/nep_related/train2train_plus_test)
 to reduce the size of the training set.

See the beginning of the source file main.cpp (from the link above) for the 
usage of the code.

My experience is that a training set with about 1000 structures is sufficient. 
In your test above, you have 43162 structures with  9322992 atoms in total, 
which is too much for GPUMD. Perhaps you have saved the full trajectories of 
some AIMD runs?

As I mentioned in the previous email, if you want more suggestions, please 
present more details about your calculations.

Zheyong

On Tue, Aug 10, 2021 at 6:11 AM Yuan, Liang 
<Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx<mailto:Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx>> wrote:

Hello Zheyong,


Thank you very much for pointing out this error, but I have another more 
serious problem.

The size of the dataset that I want to train is about 40000 (configurations). 
An error shows "out of memory".

I would like to see if you can help on this issue.


Thanks very much!


The full information of the error is:


(base) liang@GPUWORKSTATION:~/code/GPUMD$ src/nep < examples/input_nep.txt

***************************************************************
*                 Welcome to use GPUMD                        *
*    (Graphics Processing Units Molecular Dynamics)           *
*                  Developing Version                         *
*              This is the nep executable                     *
* Author:                                                     *
*     Zheyong Fan <brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>>               
         *
***************************************************************


---------------------------------------------------------------
GPU information:
---------------------------------------------------------------

Device id:                                 0
Device name:                               NVIDIA TITAN Xp
Compute capability:                        6.1
Amount of global memory:                   11.9079 GB
Amount of constant memory:                 64 KB
Maximum grid size:                         2147483647 65535 65535
Maximum block size:                        1024 1024 64
Number of SMs:                             30
Maximum amount of shared memory per block: 48 KB
Maximum amount of shared memory per SM:    96 KB
Maximum number of registers per block:     64 K
Maximum number of registers per SM:        64 K
Maximum number of threads per block:       1024
Maximum number of threads per SM:          2048

---------------------------------------------------------------
Run simulation for 'examples/nep/mgo'.
---------------------------------------------------------------


---------------------------------------------------------------
Started reading nep.in<http://nep.in>.
---------------------------------------------------------------

radial cutoff = 6 A.
angular cutoff = 4 A.
n_max_radial = 12.
n_max_angular = 6.
l_max = 4.
ANN = 41-40-1.
number of parameters to be optimized = 1721.
regularization = 0.05, 0.05.
population_size = 50.
maximum_generation = 100000.

---------------------------------------------------------------
Started reading train.in<http://train.in>.
---------------------------------------------------------------

Number of configurations = 43162.
Total number of atoms = 9322992.
Number of atoms in the largest configuration = 216.
Number of configurations having virial = 43162.
Radial descriptor with a cutoff of 6 A:
    Minimum number of neighbors for one atom = 79.
    Maximum number of neighbors for one atom = 93.
Angular descriptor with a cutoff of 4 A:
    Minimum number of neighbors for one atom = 21.
    Maximum number of neighbors for one atom = 29.
CUDA Error:
    File:       ./utilities/gpu_vector.cuh
    Line:       83
    Error code: 2
    Error text: out of memory





--------------

Liang Yuan

Bayerisches Geoinstitut

Universitätsstraße 30, 95447 Bayreuth, Germany
https://www.bgi.uni-bayreuth.de/?page=4&lng=en&mode=s&id=342


________________________________
From: gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx
<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx>> on behalf of 
Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>>
Sent: 07 August 2021 21:37
To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
Subject: [gpumd] Re: Compiling errors for the GPUMD code with NEP updates

You have another problem in the xyz.in<http://xyz.in> input file:

This NEP potential for PbTe has a radial cutoff distance of 8 A, and you set 
the initial neighbor list cutoff to 5 A only. This will definitely cause 
problems. You can set the initial neighbor list cutoff to 9 A, and (optionally) 
use the following command within each "run" in the run.in<http://run.in> input 
file:

neighbor 1.0 # enable neighbor list updating with a skin distance of 1 A

By default, GPUMD does not update the neighbor list at all.

Suggestion: It is very important to read through the whole manual before using 
GPUMD. Fortunately, this will only take a couple of days.

Zheyong

On Sun, Aug 8, 2021 at 12:23 AM Bruce Fan 
<brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>> wrote:
For the NEP potential, use atomic number as the type in the first column of 
xyz.in<http://xyz.in>.

I will add this to manual soon.


Zheyong

Yuan, Liang <Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx<mailto:Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx>> 于 
2021年8月7日周六 18:51写道:

Hi Zheyong,


Thank you so much for your time.


I found that there are no examples of testing the NEP.

Therefore I prepared the two files (xyz.in<http://xyz.in> and 
run.in<http://run.in>) for PbTe with nep potential in 
/GPUMD/potentials/nep/PbTe_Fan_2021.txt.

But there is an error "Failed to open 
examples/gpumd/a_pbte_gpumd_test/atomic_number.in<http://atomic_number.in>!"

It seems that there should be a file named 
"atomic_number.in<http://atomic_number.in>" when run the MD with NEP.


I attached the xyz.in<http://xyz.in> and run.in<http://run.in> alongside this 
email, and full information of the error is:

(base) liang@GPUWORKSTATION:~/code/GPUMD$ gpumd < examples/input_gpumd.txt

***************************************************************
*                 Welcome to use GPUMD                        *
*     (Graphics Processing Units Molecular Dynamics)          *
*                    Version 2.5.1                            *
*              This is the gpumd executable                   *
* Authors:                                                    *
*     Zheyong Fan <brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>>               
         *
*     Alexander J. Gabourie 
<gabourie@xxxxxxxxxxxx<mailto:gabourie@xxxxxxxxxxxx>>           *
*     Ville Vierimaa                                          *
*     Mikko Ervasti                                           *
*     Ari Harju                                               *
***************************************************************


---------------------------------------------------------------
Compiling options:
---------------------------------------------------------------

DEBUG is off: Use different PRNG seeds for different runs.

---------------------------------------------------------------
GPU information:
---------------------------------------------------------------

Device id:                                 0
Device name:                               NVIDIA TITAN Xp
Compute capability:                        6.1
Amount of global memory:                   11.9079 GB
Amount of constant memory:                 64 KB
Maximum grid size:                         2147483647 65535 65535
Maximum block size:                        1024 1024 64
Number of SMs:                             30
Maximum amount of shared memory per block: 48 KB
Maximum amount of shared memory per SM:    96 KB
Maximum number of registers per block:     64 K
Maximum number of registers per SM:        64 K
Maximum number of threads per block:       1024
Maximum number of threads per SM:          2048

---------------------------------------------------------------
Run simulation for 'examples/gpumd/a_pbte_gpumd_test'.
---------------------------------------------------------------


---------------------------------------------------------------
Started initializing positions and related parameters.
---------------------------------------------------------------

Number of atoms is 512.
Maximum number of neighbors is 1024.
Initial cutoff for neighbor list is 5 A.
Use orthogonal box.
Do not specify initial velocities here.
Have no grouping method.
Box lengths are
    Lx =     2.5816400528e+01 A
    Ly =     2.5816400528e+01 A
    Lz =     2.5816400528e+01 A
Use periodic boundary conditions along x.
Use periodic boundary conditions along y.
Use periodic boundary conditions along z.
There are 2 atom types.
    256 atoms of type 0.
    256 atoms of type 1.

---------------------------------------------------------------
Finished initializing positions and related parameters.
---------------------------------------------------------------


---------------------------------------------------------------
Started executing the commands in run.in<http://run.in>.
---------------------------------------------------------------

Use the NEP potential.
    radial cutoff = 8 A.
    angular cutoff = 4 A.
    n_max_radial = 12.
    n_max_angular = 6.
    l_max = 4.
    ANN = 41-40-1.
Failed to open 
examples/gpumd/a_pbte_gpumd_test/atomic_number.in<http://atomic_number.in>!
No such file or directory



--------------

Liang Yuan

Bayerisches Geoinstitut

Universitätsstraße 30, 95447 Bayreuth, Germany
https://www.bgi.uni-bayreuth.de/?page=4&lng=en&mode=s&id=342

________________________________
From: gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx
<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx>> on behalf of 
Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>>
Sent: 06 August 2021 22:39:14
To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
Subject: [gpumd] Re: Compiling errors for the GPUMD code with NEP updates

To prepare for the train.in<http://train.in> file, you need to read the 
document (https://gpumd.zheyongfan.org/index.php/The_train.in_input_file) and 
write some code to generate it by yourself. This reflects the philosophy of 
GPUMD: we assume that the user is a good programmer :-)

Zheyong



On Sat, Aug 7, 2021 at 4:21 AM Yuan, Liang 
<Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx<mailto:Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx>> wrote:

Dear Zheyong,


Thank you so much for your help.


Yes, the error is related to my GCC as I successfully installed the code on 
another workstation with a newer ubuntu system.

Now I can run "src/nep < examples/input_nep.txt". I expect that the input 
training data for silicon is stored in the file "train.in<http://train.in>"(?)

May I ask, to produce it from VASP output, do I have some script?


With best regards,

Liang


--------------

Liang Yuan

Bayerisches Geoinstitut

Universitätsstraße 30, 95447 Bayreuth, Germany
https://www.bgi.uni-bayreuth.de/?page=4&lng=en&mode=s&id=342


________________________________
From: gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx
<gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd-bounce@xxxxxxxxxxxxx>> on behalf of 
Bruce Fan <brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>>
Sent: 06 August 2021 21:49
To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx<mailto:gpumd@xxxxxxxxxxxxx>
Subject: [gpumd] Re: Compiling errors for the GPUMD code with NEP updates

Another hint: perhaps you can also try to change the GCC optimization level in 
the makefile (within the src/ folder):

CFLAGS = -std=c++11 -O3 -arch=sm_35

to

CFLAGS = -std=c++11 -O2 -arch=sm_35

Zheyong



On Sat, Aug 7, 2021 at 3:43 AM Bruce Fan 
<brucenju@xxxxxxxxx<mailto:brucenju@xxxxxxxxx>> wrote:
Hi Liang,

Thanks for reporting this issue.  I believe it is due to the GCC version. I 
have found similar questions from the github repo of tensorflow. You can read 
it and try to find some clue for the solution (might be just changing to use an 
older GCC):

https://github.com/tensorflow/tensorflow/issues/10220

You can also try to build GPUMD in other machines with CUDA to see if it has 
the same problem.

Anyway, welcome to post further questions if you cannot solve them.

Zheyong




On Sat, Aug 7, 2021 at 3:25 AM Yuan, Liang 
<Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx<mailto:Liang.Yuan@xxxxxxxxxxxxxxx>> wrote:

Hello Zheyong,


I read your paper (arXiv:2107.08119<https://arxiv.org/abs/2107.08119>) with 
exceptional interest, which integrates neural network potential with molecular 
dynamics within the GPUMD code.
It is an exciting update that comes out after a long wait.

There is just one little question which I will likely need your suggestions. I 
found errors when compiling the code, and I attached them at the end of this 
email. May I ask if you can help to figure what is going wrong?
Another related question about the neural network potential is how to prepare 
the training dataset from VASP output?

Thank you very much for your help.

With best regards,
Liang
--------------

Liang Yuan

Bayerisches Geoinstitut

Universitätsstraße 30, 95447 Bayreuth, Germany
https://www.bgi.uni-bayreuth.de/?page=4&lng=en&mode=s&id=342



My Linux workstation information:
gcc --version:
gcc (Ubuntu 7.5.0-3ubuntu1~18.04) 7.5.0
Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
nvcc --version:
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2017 NVIDIA Corporation
Built on Fri_Nov__3_21:07:56_CDT_2017
Cuda compilation tools, release 9.1, V9.1.85

The full information of the errors are:
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c main_gpumd/main.cu<http://main.cu> -o 
main_gpumd/main.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
main_gpumd/velocity.cu<http://velocity.cu> -o main_gpumd/velocity.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c main_gpumd/run.cu<http://run.cu> -o 
main_gpumd/run.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
minimize/minimizer_sd.cu<http://minimizer_sd.cu> -o minimize/minimizer_sd.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
minimize/minimizer.cu<http://minimizer.cu> -o minimize/minimizer.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
minimize/minimize.cu<http://minimize.cu> -o minimize/minimize.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble.cu<http://ensemble.cu> -o integrate/ensemble.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/integrate.cu<http://integrate.cu> -o integrate/integrate.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble_lan.cu<http://ensemble_lan.cu> -o integrate/ensemble_lan.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble_nve.cu<http://ensemble_nve.cu> -o integrate/ensemble_nve.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble_ber.cu<http://ensemble_ber.cu> -o integrate/ensemble_ber.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble_bdp.cu<http://ensemble_bdp.cu> -o integrate/ensemble_bdp.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
integrate/ensemble_nhc.cu<http://ensemble_nhc.cu> -o integrate/ensemble_nhc.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/tersoff1989.cu<http://tersoff1989.cu> -o force/tersoff1989.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/force.cu<http://force.cu> -o 
force/force.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/nep.cu<http://nep.cu> -o 
force/nep.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/vashishta.cu<http://vashishta.cu> -o force/vashishta.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/potential.cu<http://potential.cu> -o force/potential.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/fcp.cu<http://fcp.cu> -o 
force/fcp.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/force_constant.cu<http://force_constant.cu> -o force/force_constant.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/sw.cu<http://sw.cu> -o force/sw.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/lj.cu<http://lj.cu> -o force/lj.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/tersoff1988.cu<http://tersoff1988.cu> -o force/tersoff1988.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/tersoff_mini.cu<http://tersoff_mini.cu> -o force/tersoff_mini.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
force/rebo_mos2.cu<http://rebo_mos2.cu> -o force/rebo_mos2.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/validate.cu<http://validate.cu
-o force/validate.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/ri.cu<http://ri.cu> -o force/ri.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/limt.cu<http://limt.cu> -o 
force/limt.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c force/eam.cu<http://eam.cu> -o 
force/eam.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/cvac.cu<http://cvac.cu> -o 
measure/cvac.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/compute_heat.cu<http://compute_heat.cu> -o measure/compute_heat.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/hnemd_kappa.cu<http://hnemd_kappa.cu> -o measure/hnemd_kappa.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/parse_utilities.cu<http://parse_utilities.cu> -o 
measure/parse_utilities.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_restart.cu<http://dump_restart.cu> -o measure/dump_restart.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/dos.cu<http://dos.cu> -o 
measure/dos.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_velocity.cu<http://dump_velocity.cu> -o measure/dump_velocity.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_thermo.cu<http://dump_thermo.cu> -o measure/dump_thermo.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/measure.cu<http://measure.cu
-o measure/measure.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/modal_analysis.cu<http://modal_analysis.cu> -o measure/modal_analysis.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/shc_harmonic.cu<http://shc_harmonic.cu> -o measure/shc_harmonic.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/hac.cu<http://hac.cu> -o 
measure/hac.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_force.cu<http://dump_force.cu> -o measure/dump_force.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_position.cu<http://dump_position.cu> -o measure/dump_position.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/sdc.cu<http://sdc.cu> -o 
measure/sdc.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
measure/dump_netcdf.cu<http://dump_netcdf.cu> -o measure/dump_netcdf.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/shc.cu<http://shc.cu> -o 
measure/shc.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c measure/compute.cu<http://compute.cu
-o measure/compute.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/neighbor_ON1.cu -o 
model/neighbor_ON1.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/neighbor.cu<http://neighbor.cu
-o model/neighbor.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/read_xyz.cu<http://read_xyz.cu
-o model/read_xyz.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/box.cu<http://box.cu> -o 
model/box.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/group.cu<http://group.cu> -o 
model/group.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c model/neighbor_ON2.cu -o 
model/neighbor_ON2.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
utilities/cusolver_wrapper.cu<http://cusolver_wrapper.cu> -o 
utilities/cusolver_wrapper.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c utilities/error.cu<http://error.cu> -o 
utilities/error.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
utilities/read_file.cu<http://read_file.cu> -o utilities/read_file.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
utilities/main_common.cu<http://main_common.cu> -o utilities/main_common.o
nvcc  main_gpumd/main.o main_gpumd/velocity.o main_gpumd/run.o 
minimize/minimizer_sd.o minimize/minimizer.o minimize/minimize.o 
integrate/ensemble.o integrate/integrate.o integrate/ensemble_lan.o 
integrate/ensemble_nve.o integrate/ensemble_ber.o integrate/ensemble_bdp.o 
integrate/ensemble_nhc.o force/tersoff1989.o force/force.o force/nep.o 
force/vashishta.o force/potential.o force/fcp.o force/force_constant.o 
force/sw.o force/lj.o force/tersoff1988.o force/tersoff_mini.o 
force/rebo_mos2.o force/validate.o force/ri.o force/limt.o force/eam.o 
measure/cvac.o measure/compute_heat.o measure/hnemd_kappa.o 
measure/parse_utilities.o measure/dump_restart.o measure/dos.o 
measure/dump_velocity.o measure/dump_thermo.o measure/measure.o 
measure/modal_analysis.o measure/shc_harmonic.o measure/hac.o 
measure/dump_force.o measure/dump_position.o measure/sdc.o 
measure/dump_netcdf.o measure/shc.o measure/compute.o model/neighbor_ON1.o 
model/neighbor.o model/read_xyz.o model/box.o model/group.o 
model/neighbor_ON2.o utilities/cusolver_wrapper.o utilities/error.o 
utilities/read_file.o utilities/main_common.o -o gpumd -lcublas -lcusolver
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
main_phonon/main_phonon.cu<http://main_phonon.cu> -o main_phonon/main_phonon.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
main_phonon/hessian.cu<http://hessian.cu> -o main_phonon/hessian.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c 
main_phonon/phonon.cu<http://phonon.cu> -o main_phonon/phonon.o
nvcc  main_phonon/main_phonon.o main_phonon/hessian.o main_phonon/phonon.o 
minimize/minimizer_sd.o minimize/minimizer.o minimize/minimize.o 
force/tersoff1989.o force/force.o force/nep.o force/vashishta.o 
force/potential.o force/fcp.o force/force_constant.o force/sw.o force/lj.o 
force/tersoff1988.o force/tersoff_mini.o force/rebo_mos2.o force/validate.o 
force/ri.o force/limt.o force/eam.o model/neighbor_ON1.o model/neighbor.o 
model/read_xyz.o model/box.o model/group.o model/neighbor_ON2.o 
utilities/cusolver_wrapper.o utilities/error.o utilities/read_file.o 
utilities/main_common.o -o phonon -lcublas -lcusolver
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c main_nep/nep.cu<http://nep.cu> -o 
main_nep/nep.o
nvcc -std=c++11 -O3 -arch=sm_35  -I./ -c main_nep/fitness.cu<http://fitness.cu
-o main_nep/fitness.o
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9220): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9231): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9244): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9255): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9268): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9279): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9292): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9303): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9316): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9327): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9340): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9352): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9365): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9376): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9389): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9401): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9410): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9419): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9428): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9437): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9445): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9454): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9463): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9472): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9481): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9490): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9499): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9508): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9517): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9526): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9535): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512fintrin.h(9544): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(55): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(63): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(73): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const long long 
*"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(81): error: argument 
of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(91): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(100): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(109): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(117): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(127): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(136): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(145): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512pfintrin.h(153): error: argument 
of type "void *" is incompatible with parameter of type "const int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10799): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10811): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10823): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10835): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10847): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10859): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10871): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10883): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10895): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10907): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10919): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10931): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10943): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10955): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10967): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10979): error: 
argument of type "const void *" is incompatible with parameter of type "const 
long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(10989): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11000): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11009): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11020): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11029): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11040): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11049): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11060): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11069): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11080): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11089): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11100): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "float *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11109): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11120): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11129): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11140): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "double *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11149): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11160): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11169): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11180): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11189): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11200): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11209): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11220): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11229): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11240): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11249): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11260): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "int *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11269): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11280): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11289): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/include/avx512vlintrin.h(11300): error: 
argument of type "void *" is incompatible with parameter of type "long long *"

92 errors detected in the compilation of 
"/tmp/tmpxft_00003047_00000000-6_fitness.cpp1.ii".
makefile:134: recipe for target 'main_nep/fitness.o' failed
make: *** [main_nep/fitness.o] Error 1

Other related posts: