[gpumd] Re: Calculating thermal conductivity contribution of some monolayer on substrates.

  • From: Alex Gabourie <agabourie47@xxxxxxxxx>
  • To: gpumd@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Tue, 24 Nov 2020 11:32:46 -0500

Soonsung,

To calculate the thermal conductivity of a 2D material on a substrate, I
would suggest using compute_hnemd instead of compute_hac. The required
simulation time will be much larger with compute_hac and it may be
difficult to determine when the correlation function is converged.

The GPUMD code has changed since I calculated the thermal conductivity for
that paper, but I believe there is still a simple way to isolate the
contributions of interest. In the measure/hnemd_kappa.cu file, at line 85,
you can manually change N to be the number of atoms of the material you
would like to consider. This should ensure that the only heat current
contributions you consider for the HNEMD thermal conductivity will be from
the first N atoms of your xyz.in file. To be clear, that means your xyz.in
file must be ordered such that all of the atoms from the material of
interest are listed first. This also assumes that you are using
GPUMD-v2.5.1. Do not forget to rebuild the code after making the changes.
Finally, this change does not exclude any atoms from the driving force. In
my own experience, having the driving force being applied to the entire
system (MoS2/SiO2) or only the material of interest (MoS2) has not changed
my results, but I cannot guarantee that is the case for all systems.

There are other ways to ensure that the heat current for certain atoms is
not calculated in the first place, but the change I suggested above should
do the trick. Let me know if this works for you or if you have any other
questions/problems.

Regards,
  Alex

On Tue, Nov 24, 2020 at 3:01 AM "소순성" <soonsung2001@xxxxxxxxxx> wrote:

Hi, I'm. Soonsung So, and always,
Thank you for nice answers and GPUMD tool~!

Today, I have a question.
I want to calculate thermal conductivity contribution of MoS2 monolayer on
the SiO2 substrate
depicted in the paper (2D Mater. 8 (2020) 011001) by Alexander J Gabourie.

But as I know there is no grouping method for 'compute hac' or other
relating thermal conductivity commands,
How can I calculate it?





Other related posts: