[codeface] Re: Bugfixes and copyright header cleanups

  • From: Wolfgang Mauerer <wolfgang.mauerer@xxxxxxxxxxxxxxxxx>
  • To: <codeface@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Fri, 17 Jun 2016 17:07:05 +0200

Hi Claus,

Am 17/06/2016 um 16:16 schrieb Claus Hunsen:

thank you very much for this list of patches, Wolfgang. The error with
the plyr package appeared to me just yesterday and I was about to fix it
somehow, when I saw your patches.

Unfortunately, the Travis build on your pull request fails due to
further problems where R tries to unload packages.

Here the list of occurrences:
- https://travis-ci.org/siemens/codeface/builds/138348511#L8019
- https://travis-ci.org/siemens/codeface/builds/138348511#L8494
- https://travis-ci.org/siemens/codeface/builds/138348511#L8769
- https://travis-ci.org/siemens/codeface/builds/138348511#L9151
- https://travis-ci.org/siemens/codeface/builds/138348511#L9507
The first occurrence is related to the "slam" package, the others to
"plyr".

@all: Does anyone know why this problems appears just now and not
earlier? Seems weird to me...

thanks for the info, that's too bad. Smells very much like an
upstream bug, though. I quickly parsed recent changes to ggplot2
and plyr, but could not find anything relevant yet.

What R version are you using? Things work fine on a Mac
with R 3.2.2, for instance, but fail with Linux and R 3.2.5.
Googling does not reveal reports of such problems elsewhere; since I
would expect that ggplot2+plyr is a frequently used combination,
this seems a bit odd...

On the other hand, install.packages() reports that ggplot and plyr
are not available for R 3.2.5. When I install plyr and ggplot2 from
the development repos with

devtools::install_github("hadley/plyr")
devtools::install_github("hadley/ggplot2")

then I can load the packages as usual (first ggplot2, then plyr and
also the other way round). Does that work for you?

If yes, I'm not sure how to fix this in the least ugly way. I would
of course like the vagrant installation to work by default, but I
would likewise prefer to not install otherwise stable packages
from development repos without need... If we could pinpoint the problem
to R 3.2.5, we could use a devtools HEAD install for ggplot2 and plyr
only in this special case. Alternative suggestions are welcome, though.

Best regards, Wolfgang


Best,
Claus


Am 16.06.2016 um 22:46 schrieb Wolfgang Mauerer:
The following series fixes some problems with upstream changes in
various packages, and makes vagrant based deployments more robust.
It also adds license information to previously implicitly licensed
files. All copyright holders are notified on CC for the respective patches.

If nobody objects, I'll merge at the beginning of next week. The series
is also available in branch for-upstream.

--
 b/Vagrantfile                                    |    3 
 b/codeface/R/cluster/persons.r                   |    2 
 b/codeface/R/complexity.r                        |    2 
 b/codeface/R/developer_classification.r          |   16 ++++
 b/codeface/R/test_developer_classification.r     |   16 ++++
 b/integration-scripts/install_codeface_R.sh      |    5 -
 b/integration-scripts/install_codeface_node.sh   |    2 
 b/integration-scripts/install_codeface_python.sh |    2 
 b/integration-scripts/install_common.sh          |    2 
 b/integration-scripts/install_cppstats.sh        |   36 ++++++++--
 b/integration-scripts/setup_database.sh          |    3 
 b/integration-scripts/test_codeface.sh           |    2 
 b/packages.r                                     |   78 
+++++++++++++++++++++++
 packages.R                                       |   59 -----------------
 packages.minimal.R                               |   10 --
 15 files changed, 157 insertions(+), 81 deletions(-)
From: Wolfgang Mauerer <wolfgang.mauerer@xxxxxxxxxxxxxxxxx>
Subject: Bugfixes and copyright header cleanups
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