[mira_talk] Re: problem with rRNA filter for MIRA on Mac OS 10.10.3

  • From: Wannes Dermauw <wannes.dermauw@xxxxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Tue, 7 Jun 2016 08:28:00 +0200

Dear Bastien

Thank you for your help. Much appreciated!

Regards

Wannes


Op 7/06/2016 om 2:30 schreef Bastien Chevreux:

On 06 Jun 2016, at 3:52 , Wannes Dermauw <wannes.dermauw@xxxxxxxx> wrote:
./mira-install-sls-rrna.sh rfam_rrna-21-12.sls.gz 
/Users/Wannes/RNAseq/mira_4_9_6/bin/share/mira/mhs

(fyi, when I tried to run this command without specifying the install 
directory, I got this message (because mira, the program, and a subdirectoryr 
named mira cannot be made in the same folder (bin) I think) :
mkdir: /Users/Wannes/RNAseq/mira_4_9_6/bin/mira: Not a directory
Could not create /Users/Wannes/RNAseq/mira_4_9_6/bin/mira. Missing permissions?)

Could anyone help me out with this problem?
Turns out I didn't test the install script on OSX … aaaaaaaand of course there 
are differences which break it.

Until 4.9.7 (or 5.0) comes out, please find a corrected version of that script 
as attachment.

Bastien


--
dr. ir. Wannes Dermauw <https://scholar.google.be/citations?user=YApJYSsAAAAJ&hl=nl&oi=ao>
Laboratory of Agrozoology <http://www.ugent.be/bw/crop-protection/en/research-groups/agrozoology/>
Department of Crop Protection
Faculty of Bioscience Engineering, Ghent University
Coupure Links 653, B-9000 Ghent, Belgium
tel: ++32(0)92646155

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