[mira_talk] Re: PacBio only assembly

  • From: Chris Hoefler <hoeflerb@xxxxxxxxx>
  • To: "mira_talk@xxxxxxxxxxxxx" <mira_talk@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Tue, 12 Apr 2016 16:11:26 -0500

Did you look in the docs/ directory in the tarball?

On Tue, Apr 12, 2016 at 3:14 PM, David Sannino <drs357@xxxxxxxxxxx> wrote:

I am trying to use Mira 4.9.5-2, however, there are parameters that are
different in this updated version. Is there a PDF or a file that has the
updated parameters. For instance Hash Statistics is now K-mer Statistics,
but I cant find what to change things as for the manifest.

Thanks

On Thu, Apr 7, 2016 at 9:55 PM, Bastien Chevreux <bach@xxxxxxxxxxxx>
wrote:

On 07 Apr 2016, at 18:08 , Chris Hoefler <hoeflerb@xxxxxxxxx> wrote:
My recommendation: try with just the default settings and see what you
get before using extra flags.

Still, there shouldn’t be a core dump. I don’t like that.

David, if this is MIRA 4.0.2 you are using, give 4.9.5 a try please.

B.



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Chris Hoefler, PhD
Postdoctoral Research Associate
Straight Lab
Texas A&M University
2128 TAMU
College Station, TX 77843-2128

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