[mira_talk] Re: MAF to SAM

  • From: "Peter Cock" <dmarc-noreply@xxxxxxxxxxxxx> (Redacted sender "p.j.a.cock" for DMARC)
  • To: "mira_talk@xxxxxxxxxxxxx" <mira_talk@xxxxxxxxxxxxx>
  • Date: Tue, 12 Apr 2016 15:17:18 +0100

On Tue, Apr 12, 2016 at 2:47 PM, - - <directioninformatique@xxxxxxxx> wrote:

Dear Peter

Thanks for your quick answer. I answer further, point by point...

The error says the MD5 checksum of the sequence for HLAG_bb
in your FASTA file (ind4_HLAG.fasta) does not match the
sequence for this in the MAF file.

This suggests you are not using the correct FASTA file?

Can you try running my maf2fasta.py script to make a FASTA file
from the MAF (assuming I updated this for the MAF v2 format),
and then use that with maf2sam.py instead of ind4_HLAG.fasta?

Ok it works using the fasta extracted with maf2fasta.py . To use your
maf2sam.py in my first try, I took the fasta from the CAF file's head.

But our pipeline don't use this fasta. Why are they different ?

MIRA often produces multiple different FASTA files from the same
assembly - especially if there were multiple strains (this can be
implicit with a reference guided assembly where you have two
strains by default). Could that explain it?

(I will have a quick look at the files you sent and reply again soon)

Peter

-- 
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