[mira_talk] Illumina paired end assembly - MIRA

  • From: Maisie Nash <mn1154@xxxxxxxxxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Wed, 22 Jun 2016 13:03:33 +0100

Hi everyone,

I am having trouble with a MIRA error message and would be grateful for any 
advice.  

I am assembling simulated illumina paired end reads. The assembly starts to 
run, however stops with the message:


Fatal error (may be due to problems of the input data or parameters):

********************************************************************************
* MIRA found readgroups where pairs are expected but no read has a partner.    *
* See log above and then check your input please (either manifest file or data *
* files loaded or segment_naming scheme).                                      *
********************************************************************************
->Thrown: void Assembly::basicReadGroupChecks()
->Caught: main

Aborting process, probably due to error in the input data or parametrisation.


My config file is as follows:


project = Assembly_A
job = genome,denovo,accurate 
readgroup = ProfileA_paired
data = ProfileA_paired.fa 
technology = solexa 
template_size = 2000 4000 autorefine 
segment_placement = ---> <---
segment_naming = solexa 
parameters= --noqualities


My paired end reads are all compiled into one file, where 1.1 and 1.2 are a set 
of paired reads 

r1.1 
|SOURCES={KEY=bf97e692...,bw,559392-559472}|ERRORS={}|SOURCE_1="CP007128.1 
Gemmatimonadetes bacterium KBS708, complete genome" 
(bf97e6923cd410b05af0dc7641aa6e2651e19392)
GTCGCTGCAGGGGCGCGACTCGGCGCGCGTGCGCGACTCGGCGCGCGTGCGCGACTTCGCGCTCT
ACGGCGAGACGACGG
r1.2 
|SOURCES={KEY=bf97e692...,fw,558357-558437}|ERRORS={}|SOURCE_1="CP007128.1 
Gemmatimonadetes bacterium KBS708, complete genome" 
(bf97e6923cd410b05af0dc7641aa6e2651e19392)
GAGGGCGGCTTCCACCCCGGCACCGGCCTGGCCGCCGATCGCCTCGTCGGCATGACGAAGCTCGC
CGGCGAGTGCCGTAC
r2.1 
|SOURCES={KEY=bf97e692...,bw,4893168-4893248}|ERRORS={}|SOURCE_1="CP007128.1 
Gemmatimonadetes bacterium KBS708, complete genome" 
(bf97e6923cd410b05af0dc7641aa6e2651e19392)
TGGAACAGCTCGTCGCGGGCTTCCTCGTAGGGCGTCGGGGTCGCGACAGCATCCCGTCGTCCGCG
GTTGTTATTGCCGTG
r2.2 
|SOURCES={KEY=bf97e692...,fw,4892115-4892195}|ERRORS={76:T}|SOURCE_1="CP007128.1
Gemmatimonadetes bacterium KBS708, complete genome" 
(bf97e6923cd410b05af0dc7641aa6e2651e19392)
ACTAGATTGACGACGAA


I have run single end reads from the same simulated data without any issues, so 
I assume It is to do with my paired end config file. Any advice on resolving 
this would be much appreciated!

Many thanks,

Maisie 
        --      --
Maisie Nash,
PhD Researcher,
Bristol Glaciology department,
University of Bristol. 




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