Just in case, I attach the complete repeat ratio histogram.... Juan El jue, 13-10-2011 a las 00:26 +0200, Juan Fernandez Tajes escribió: > Thanks Bastien for your quick replay > > Here are the hash statistics > > Hash statistics: > ========================================================= > Measured avg. frequency coverage: 7 > > Deduced thresholds: > ------------------- > Min normal cov: 3 > Max normal cov: 11 > Repeat cov: 13 > Heavy cov: 56 > Crazy cov: 140 > Mask cov: 70 > > Repeat ratio histogram: > ----------------------- > 0 9869618 > 1 5691550 > 2 1024738 > 3 383504 > 4 188150 > 5 111226 > 6 71370 > 7 49218 > 8 37936 > 9 28164 > > I only paste the first 9 lines from repeat ratio histogram, if you need > more let me know > > Juan > > El mié, 12-10-2011 a las 20:38 +0200, Bastien Chevreux escribió: > > On Wednesday 12 October 2011 19:08:55 Juan Fernandez Tajes wrote: > > > > > I got Mira to work but I had to increase, mmhr=3, I hope I didn't do > > > > > anything wrong, although Bastien warn in manual about modifying > > mmhr. > > > > > The problem is after Mira has finished I got a number of all contigs > > too > > > > > high, All contigs=34276 contigs, and I think this number is too much > > for > > > > > 250641 reads assembled, any clues about what is happening? > > > > > > You've got some massive repeats. Being EST data, my first guess would > > be rRNA, but that you'd need to check. > > > > > > Let's walk this through. > > > > > > Can you please post the hash statistics shown in the log output? > > > > > > B. > > > > > > >
Repeat ratio histogram: ----------------------- 0 9869618 1 5691550 2 1024738 3 383504 4 188150 5 111226 6 71370 7 49218 8 37936 9 28164 10 20932 11 15500 12 13050 13 11464 14 9106 15 8498 16 7642 17 6616 18 5594 19 4760 20 4198 21 3656 22 3040 23 2708 24 2340 25 2242 26 2162 27 2088 28 2084 29 2258 30 2050 31 1710 32 1778 33 1538 34 1542 35 1276 36 1118 37 862 38 820 39 764 40 708 41 658 42 860 43 712 44 676 45 658 46 584 47 732 48 680 49 516 50 564 51 500 52 410 53 448 54 488 55 368 56 370 57 310 58 316 59 434 60 394 61 334 62 308 63 324 64 292 65 226 66 268 67 308 68 194 69 174 70 172 71 172 72 212 73 252 74 288 75 254 76 206 77 296 78 284 79 206 80 158 81 194 82 174 83 152 84 176 85 198 86 226 87 232 88 222 89 164 90 144 91 128 92 118 93 108 94 152 95 156 96 176 97 106 98 146 99 140 100 166 101 120 102 172 103 98 104 128 105 120 106 110 107 78 108 100 109 104 110 100 111 92 112 96 113 72 114 74 115 62 116 62 117 46 118 56 119 62 120 44 121 46 122 72 123 72 124 44 125 46 126 26 127 38 128 26 129 48 130 48 131 20 132 26 133 8 134 8 135 8 136 10 137 6 138 24 139 20 140 14 141 8 142 12 143 2 144 8 145 16 146 2 147 4 148 14 149 12 150 16 151 10 153 2 154 4 155 4 156 4 157 14 158 20 159 6 160 4 161 4 163 2 165 4 166 4 167 4 168 6 169 12 170 10 171 14 172 14 173 14 174 10 175 4 176 16 177 6 178 20 179 16 180 10 181 10 182 2 183 6 184 2 185 8 186 14 187 20 188 10 189 14 190 10 191 18 192 14 193 12 194 10 195 34 196 36 197 12 198 8 199 18 200 6 201 10 202 8 203 4 204 22 205 4 206 16 207 10 208 22 209 14 210 10 211 6 212 12 213 14 214 10 215 8 216 12 217 14 218 10 219 14 220 22 221 10 222 10 223 6 224 10 225 6 227 10 228 2 229 8 230 8 231 10 232 10 233 2 234 4 236 4 237 6 238 12 239 10 240 2 241 10 242 6 243 10 244 18 245 8 246 4 247 16 248 6 249 2 250 14 251 18 252 14 253 2 254 6 255 4 256 6 257 10 258 12 259 8 260 12 261 6 262 12 263 8 264 2 265 4 266 10 267 8 268 8 269 16 270 6 271 2 272 2 276 4 277 4 278 2 281 4 282 2 283 6 284 2 285 12 286 18 287 16 288 10 289 10 290 16 291 12 292 14 293 4 294 14 295 8 296 4 299 6 300 4 301 8 302 4 303 10 304 6 305 6 306 4 307 6 308 4 309 4 310 2 311 2 312 4 313 4 314 2 315 4 316 6 317 4 318 4 319 10 320 12 321 10 322 6 323 12 324 4 325 6 326 6 327 8 329 4 330 4 331 2 332 4 333 8 334 2 335 4 336 8 337 6 338 4 339 4 340 10 341 4 342 2 343 4 344 4 345 4 346 4 347 14 348 8 349 6 350 10 351 6 352 14 353 4 355 14 356 10 357 10 358 6 359 10 360 8 361 8 362 4 363 6 364 4 365 12 366 10 367 6 368 10 369 10 370 10 371 6 372 12 373 10 374 2 375 8 376 10 377 6 378 4 379 6 380 4 381 8 382 12 383 4 384 2 385 4 386 2 387 6 388 6 389 10 390 10 391 4 392 4 393 6 394 10 395 4 396 10 397 12 398 6 400 8 401 20 402 18 403 22 404 20 405 6 406 12 407 6 408 16 409 14 410 12 411 16 412 6 413 10 414 6 415 10 416 4 417 10 418 4 420 6 421 8 422 10 423 10 424 8 425 4 426 16 427 18 428 24 429 14 430 6 431 8 432 8 434 4 435 8 436 8 437 4 438 12 440 4 441 4 442 8 444 2 445 2 446 2 447 2 448 8 451 4 452 10 453 12 454 2 457 4 458 4 459 2 460 4 462 2 463 6 464 2 466 4 468 4 475 2 479 4 481 2 482 2 484 6 485 4 486 2 487 4 489 10 491 2 493 2 495 6 496 2 498 4 499 4 500 4 501 10 502 6 503 4 505 8 506 4 507 4 509 8 510 14 511 4 512 6 513 4 515 2 516 4 517 2 518 2 519 4 520 4 521 4 522 6 523 14 526 2 527 6 528 4 529 2 530 2 532 6 533 6 535 4 536 8 537 10 539 4 541 10 542 4 543 2 544 2 545 2 547 4 548 4 549 6 550 4 551 2 552 4 553 4 554 2 555 2 556 4 557 6 558 6 560 6 561 4 562 4 563 6 564 4 565 6 566 2 567 4 568 2 569 6 570 4 572 6 574 6 575 2 579 4 580 4 581 2 582 2 584 2 585 2 586 4 606 4 616 2 619 6 621 4 624 2 625 4 627 2 628 2 630 2 632 4 634 4 635 2 636 2 640 4 642 6 643 4 644 2 645 2 648 2 655 2 659 4 661 2 663 2 664 4 666 4 667 2 669 4 672 2 673 2 674 4 675 6 676 2 677 2 678 2 679 2 680 6 681 4 682 4 683 12 684 2 685 2 686 4 687 4 688 2 690 4 691 2 692 6 694 4 697 4 699 2 701 4 704 2 709 4 710 2 713 2 714 2 715 2 717 2 720 6 722 2 727 2 729 4 730 2 731 2 737 2 738 10 739 4 740 4 741 2 742 4 743 8 744 2 745 10 746 6 747 10 748 6 749 2 752 2 760 2 763 2 764 2 769 2 783 4 798 2 809 4 810 2 811 2 813 6 818 2 821 2 822 4 824 2 825 2 826 4 827 2 828 12 829 6 830 2 832 6 833 2 834 2 836 2 837 2 839 2 841 2 844 2 846 4 848 2 850 2 853 2 917 2 920 2 927 2 928 2 930 2 1004 2 1005 2 1007 8 1008 4 1009 2 1010 2 1011 4 1012 2 1013 6 1014 2 1015 8 1016 6 1018 10 1019 4 1020 4 1021 8 1022 12 1023 10 1024 6 1025 2 1027 6 1028 4 1031 2 1037 2 1199 2 1203 2 1221 2 1222 2 1223 2 1224 2 1229 4 1235 2 1236 2 1239 2 1240 4 1242 2 1244 2 1250 2 1255 2 1256 2 1263 2 1296 2 1314 2 1322 2 1326 2 1334 2 1372 2 1376 2 1377 2 1379 2 1381 2 1382 2 1383 2 1384 4 1387 6 1390 2 1391 2 1392 2 1393 2 1394 2 1396 2