[mira_talk] Re: Bivalve EST assembling

  • From: Juan Fernandez Tajes <jfernandezt@xxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Thu, 13 Oct 2011 00:31:40 +0200

Just in case, I attach the complete repeat ratio histogram....

Juan


El jue, 13-10-2011 a las 00:26 +0200, Juan Fernandez Tajes escribió:
> Thanks Bastien for your quick replay
> 
> Here are the hash statistics
> 
> Hash statistics:
> =========================================================
> Measured avg. frequency coverage: 7
> 
> Deduced thresholds:
> -------------------
> Min normal cov: 3
> Max normal cov: 11
> Repeat cov: 13
> Heavy cov: 56
> Crazy cov: 140
> Mask cov: 70
> 
> Repeat ratio histogram:
> -----------------------
> 0     9869618
> 1     5691550
> 2     1024738
> 3     383504
> 4     188150
> 5     111226
> 6     71370
> 7     49218
> 8     37936
> 9     28164
> 
> I only paste the first 9 lines from repeat ratio histogram, if you need
> more let me know
> 
> Juan
> 
> El mié, 12-10-2011 a las 20:38 +0200, Bastien Chevreux escribió:
> > On Wednesday 12 October 2011 19:08:55 Juan Fernandez Tajes wrote:
> > 
> > > I got Mira to work but I had to increase, mmhr=3, I hope I didn't do
> > 
> > > anything wrong, although Bastien warn in manual about modifying
> > mmhr.
> > 
> > > The problem is after Mira has finished I got a number of all contigs
> > too
> > 
> > > high, All contigs=34276 contigs, and I think this number is too much
> > for
> > 
> > > 250641 reads assembled, any clues about what is happening?
> > 
> > 
> > You've got some massive repeats. Being EST data, my first guess would
> > be rRNA, but that you'd need to check.
> > 
> > 
> > Let's walk this through.
> > 
> > 
> > Can you please post the hash statistics shown in the log output?
> > 
> > 
> > B.
> > 
> > 
> 
> 
> 

Repeat ratio histogram:
-----------------------
0       9869618
1       5691550
2       1024738
3       383504
4       188150
5       111226
6       71370
7       49218
8       37936
9       28164
10      20932
11      15500
12      13050
13      11464
14      9106
15      8498
16      7642
17      6616
18      5594
19      4760
20      4198
21      3656
22      3040
23      2708
24      2340
25      2242
26      2162
27      2088
28      2084
29      2258
30      2050
31      1710
32      1778
33      1538
34      1542
35      1276
36      1118
37      862
38      820
39      764
40      708
41      658
42      860
43      712
44      676
45      658
46      584
47      732
48      680
49      516
50      564
51      500
52      410
53      448
54      488
55      368
56      370
57      310
58      316
59      434
60      394
61      334
62      308
63      324
64      292
65      226
66      268
67      308
68      194
69      174
70      172
71      172
72      212
73      252
74      288
75      254
76      206
77      296
78      284
79      206
80      158
81      194
82      174
83      152
84      176
85      198
86      226
87      232
88      222
89      164
90      144
91      128
92      118
93      108
94      152
95      156
96      176
97      106
98      146
99      140
100     166
101     120
102     172
103     98
104     128
105     120
106     110
107     78
108     100
109     104
110     100
111     92
112     96
113     72
114     74
115     62
116     62
117     46
118     56
119     62
120     44
121     46
122     72
123     72
124     44
125     46
126     26
127     38
128     26
129     48
130     48
131     20
132     26
133     8
134     8
135     8
136     10
137     6
138     24
139     20
140     14
141     8
142     12
143     2
144     8
145     16
146     2
147     4
148     14
149     12
150     16
151     10
153     2
154     4
155     4
156     4
157     14
158     20
159     6
160     4
161     4
163     2
165     4
166     4
167     4
168     6
169     12
170     10
171     14
172     14
173     14
174     10
175     4
176     16
177     6
178     20
179     16
180     10
181     10
182     2
183     6
184     2
185     8
186     14
187     20
188     10
189     14
190     10
191     18
192     14
193     12
194     10
195     34
196     36
197     12
198     8
199     18
200     6
201     10
202     8
203     4
204     22
205     4
206     16
207     10
208     22
209     14
210     10
211     6
212     12
213     14
214     10
215     8
216     12
217     14
218     10
219     14
220     22
221     10
222     10
223     6
224     10
225     6
227     10
228     2
229     8
230     8
231     10
232     10
233     2
234     4
236     4
237     6
238     12
239     10
240     2
241     10
242     6
243     10
244     18
245     8
246     4
247     16
248     6
249     2
250     14
251     18
252     14
253     2
254     6
255     4
256     6
257     10
258     12
259     8
260     12
261     6
262     12
263     8
264     2
265     4
266     10
267     8
268     8
269     16
270     6
271     2
272     2
276     4
277     4
278     2
281     4
282     2
283     6
284     2
285     12
286     18
287     16
288     10
289     10
290     16
291     12
292     14
293     4
294     14
295     8
296     4
299     6
300     4
301     8
302     4
303     10
304     6
305     6
306     4
307     6
308     4
309     4
310     2
311     2
312     4
313     4
314     2
315     4
316     6
317     4
318     4
319     10
320     12
321     10
322     6
323     12
324     4
325     6
326     6
327     8
329     4
330     4
331     2
332     4
333     8
334     2
335     4
336     8
337     6
338     4
339     4
340     10
341     4
342     2
343     4
344     4
345     4
346     4
347     14
348     8
349     6
350     10
351     6
352     14
353     4
355     14
356     10
357     10
358     6
359     10
360     8
361     8
362     4
363     6
364     4
365     12
366     10
367     6
368     10
369     10
370     10
371     6
372     12
373     10
374     2
375     8
376     10
377     6
378     4
379     6
380     4
381     8
382     12
383     4
384     2
385     4
386     2
387     6
388     6
389     10
390     10
391     4
392     4
393     6
394     10
395     4
396     10
397     12
398     6
400     8
401     20
402     18
403     22
404     20
405     6
406     12
407     6
408     16
409     14
410     12
411     16
412     6
413     10
414     6
415     10
416     4
417     10
418     4
420     6
421     8
422     10
423     10
424     8
425     4
426     16
427     18
428     24
429     14
430     6
431     8
432     8
434     4
435     8
436     8
437     4
438     12
440     4
441     4
442     8
444     2
445     2
446     2
447     2
448     8
451     4
452     10
453     12
454     2
457     4
458     4
459     2
460     4
462     2
463     6
464     2
466     4
468     4
475     2
479     4
481     2
482     2
484     6
485     4
486     2
487     4
489     10
491     2
493     2
495     6
496     2
498     4
499     4
500     4
501     10
502     6
503     4
505     8
506     4
507     4
509     8
510     14
511     4
512     6
513     4
515     2
516     4
517     2
518     2
519     4
520     4
521     4
522     6
523     14
526     2
527     6
528     4
529     2
530     2
532     6
533     6
535     4
536     8
537     10
539     4
541     10
542     4
543     2
544     2
545     2
547     4
548     4
549     6
550     4
551     2
552     4
553     4
554     2
555     2
556     4
557     6
558     6
560     6
561     4
562     4
563     6
564     4
565     6
566     2
567     4
568     2
569     6
570     4
572     6
574     6
575     2
579     4
580     4
581     2
582     2
584     2
585     2
586     4
606     4
616     2
619     6
621     4
624     2
625     4
627     2
628     2
630     2
632     4
634     4
635     2
636     2
640     4
642     6
643     4
644     2
645     2
648     2
655     2
659     4
661     2
663     2
664     4
666     4
667     2
669     4
672     2
673     2
674     4
675     6
676     2
677     2
678     2
679     2
680     6
681     4
682     4
683     12
684     2
685     2
686     4
687     4
688     2
690     4
691     2
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