[mira_talk] Re: Assemble extremely similar amplicons

  • From: Bastien Chevreux <bach@xxxxxxxxxxxx>
  • To: mira_talk@xxxxxxxxxxxxx
  • Date: Mon, 19 Sep 2016 08:00:02 -0400

On 19 Sep 2016, at 4:32 , Sven Klages <sir.svencelot@xxxxxxxxx> wrote:

I have a pool of amplified antibody sequences (~600bp, pe100 illumina data). 
All these sequences are extremely similar by nature.

"How similar?” would be my first question.

I want to assemble these fragments, so that every potential ab sequence 
builds its own contig, avoiding (or trying to avoid) any IUPAC in the final 
consensus.
Final contig set should represent the ab input pool / diversity.
Singlets will be removed in final dataset ..

What’s the amount of data you have? Coverage per amplcon / number of amplicons?

B.

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